【文件属性】:
文件名称:seqalign:序列比对算法的集合
文件大小:90KB
文件格式:ZIP
更新时间:2021-05-17 00:20:00
smith-waterman needleman-wunsch string-distance hacktoberfest sequence-alignment
序列对齐
序列比对算法的集合。
目录
入门
从npm安装软件包:
$ npm install --save seqalign
将包导入到您的项目中:
const { NWaligner , SWaligner } = require ( 'seqalign' ) ;
对准器
SWaligner和NWaligner是出厂功能,您可以创建许多具有不同参数的SWaligner , NWaligner将其重复使用多次。 可以使用以下参数来配置对齐器(所有这些参数都是可选的):
similarityScoreFunction :以两个字符(字符串)作为输入,并返回相似度得分(整数)。
gapScoreFunction :
Smith-Waterman:将一个正整数作为输入(间隙长度)并返回一个分数(整数)。
Needleman-Wunsch:不输入任何内容,并返回恒定分数,用于对比对
【文件预览】:
seqalign-master
----.gitignore(927B)
----.eslintrc(256B)
----package.json(1KB)
----src()
--------dtypes.js(489B)
--------utils.spec.js(2KB)
--------aligner.factory.spec.js(552B)
--------matrix.utils.js(2KB)
--------nw.algorithm.js(2KB)
--------traceback.js(1KB)
--------index.js(674B)
--------aligner.factory.js(1KB)
--------utils.js(800B)
--------traceback.utils.js(770B)
--------sw.algorithm.js(4KB)
--------matrix.utils.spec.js(4KB)
--------index.spec.js(6KB)
--------dtypes.spec.js(1KB)
----.travis.yml(1KB)
----LICENSE(1KB)
----CHANGELOG.md(772B)
----README.md(4KB)
----.prettierrc(143B)
----yarn.lock(189KB)