文件名称：encore:MDAnalysis库的扩展，为处理结构体提供了支持。 当前支持计算协方差矩阵，整体相似度，熵和进行PCA分析
文件大小：6.51MB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-05-20 02:49:06
Python
确保可用性 现在，ENCORE软件已作为分析模块集成到MDAnalysis Python库中-请或以获取安装和使用说明。 这是建议的，最新的版本，可用于您的ENCORE分析。 加密 ENCORE是一个Python软件包，旨在使用最初描述的三种不同方法来量化蛋白质（或原则上为其他大分子）构象集合之间的相似性： Lindorff-Larsen K，Ferkinghoff-Borg J（2009）蛋白质集合的相似性度量。 公共政策一4（1）：e4203。 doi：10.1371 / journal.pone.0004203 ENCORE的说明和许多应用程序可以在以下位置找到： Matteo Tiberti，Elena Papaleo，Tone Bengtsen，Wouter Boomsma和Kresten Lindorff-Larsen，ENCORE：用于定量整体比较的软件 该软件包包括用
【文件预览】：
encore-master
----MANIFEST.in(135B)
----PKG-INFO(392B)
----docs()
--------encore-docs.pdf(222KB)
--------encore.clustering.rst(2KB)
--------conf.py(10KB)
--------make.bat(7KB)
--------intro.rst(5KB)
--------encore.dimensionality_reduction.rst(4KB)
--------encore.rst(809B)
--------README(914B)
--------_build()
--------Makefile(7KB)
--------index.rst(419B)
----ez_setup.py(8KB)
----SUMMARY.txt(642B)
----CHANGELOG(90B)
----LICENSE(34KB)
----src()
--------cutils()
--------clustering()
--------dimensionality_reduction()
----INSTALL(7KB)
----setup.cfg(59B)
----examples()
--------md_simulations_ensembles()
--------experimental_ubq_ensembles()
--------README(2KB)
--------md_trajectory_convergence()
--------set_environment.sh(291B)
----setup.py(4KB)
----encore()
--------similarity.py(80KB)
--------utils.py(17KB)
--------confdistmatrix.py(16KB)
--------clustering()
--------dimensionality_reduction()
--------__init__.py(804B)
--------Ensemble.py(14KB)
--------covariance.py(11KB)
----README.md(5KB)