文件名称：NPanalysis:分析经典分子动力学模拟的两组分纳米粒子特性
文件大小：55.41MB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-04-25 00:29:40
molecular-dynamics gromacs coarse-grained nanoparticles all-atoms
NPanalysis-两组分纳米颗粒的分析工具 NP（纳米粒子）分析是一种用于分析全原子或粗粒度分子动力学系统中纳米粒子特性的工具。 该脚本是为DNA-PEI纳米粒子编写的，但可用于其他两组分纳米粒子。 当前，它只能读取生成的Gromacs .gro和.xvg文件以计算不同的属性： 分子的连接矩阵 扮演不同角色的分子数量 聚类分析以计算纳米粒子中的不同分子 根据一种类型的分子数量（DNA或PEI）计算纳米颗粒的大小 计算纳米粒子的尺寸分布 纳米粒子的电荷与尺寸的关系 使纳米粒子跨周期边界完整 回转半径和纳米粒子的流体动力学半径随时间变化 回转半径和纳米粒子的流体动力学半径与尺寸的关系 出版作品 该工具箱基于已发表的作品： [1] Mahajan S.和Tang T.，聚乙烯亚胺与DNA的比例强烈影响其纳米颗粒的形成：大规模粗粒化分子动力学研究， J。Phys。 化学B，2019，123
【文件预览】：
NPanalysis-main
----_config.yml(28B)
----README.md(5KB)
----tests()
--------test_connMat.py(2KB)
--------test_geometry.py(662B)
--------test_cluster.py(2KB)
--------test_makeNPwhole.py(1KB)
--------data()
----LICENSE(34KB)
----Tutorial()
--------Tut1()
----setup.py(1007B)
----NPanalysis()
--------gmx.py(20KB)
--------cluster.py(19KB)
--------geometry.py(9KB)
--------__init__.py(6KB)
--------connMat.py(14KB)
--------radius.py(13KB)