文件名称：SigmoID:Xojopython工具，用于识别和注释细菌基因组中的转录因子结合位点
文件大小：39.95MB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-04-24 09:30:59
Xojo
SigmoID与细菌基因组中的转录因子结合位点（TFBS）有关：找到已知的，推断未知的位点并在基因组范围内查看它们。 这是一个用Xojo编写的GUI应用程序，并在python中添加了一些功能。 功能： 从头推断转录因子结合位点（ v.2中的新增功能）； 基于3D结构（DNA-蛋白质接触）的已知TFBS配置文件应用于新基因组（ v.2中的new ）； 使用序列徽标可视化结合位点比对; 对RegPrecise，CollecTF和RegulonDB的集成访问； 扩展，缩短和掩盖TFBS对齐方式； 从TFBS对齐创建校准的hmm轮廓; 搜索具有校准过的（和未校准过的）hmm谱的细菌基因组序列； 注释GenBank格式的基因组中的启动子和转录因子结合位点； 使用集成的基因组浏览器在基因组背景下查看调控位点； 查看RNA-seq覆盖率数据； 通过集成的数据库搜索来验证和编辑基因