文件名称：Cogent:使用Iso-Seq数据编码基因组重建
文件大小：84KB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-05-24 19:50:07
Python
Cogent：编码基因组重建工具 当前版本：8.0.0 Cogent是使用高质量的全长转录组序列重建编码基因组的工具。 它被设计用于并且在没有参考基因组或ref基因组高度不完整的情况下使用。 请参阅有关将Cogent应用于墨鱼Iso-Seq数据的。 ， 有关使用的详细信息，请参见 。 版本更新 2020.10.21已更新至版本8.0.0。 加入--randomly_resolve_ambiguous_dangling （ -R ）选项reconstruct_contigs.py 2020.09.23已更新至版本7.0.0。 networkx现在在v2.5上。 2020.08.28已更新至版本6.1.0。 固定os.chdir在错误reconstruct_contigs.py 2019.12.30更新至版本6.0.0。 Python 3.7版本！ 已将SSW关闭，改为使用滑翔
【文件预览】：
Cogent-master
----setup.py(984B)
----LICENSE.md(2KB)
----.gitmodules(0B)
----README.md(4KB)
----Cogent()
--------process_kmer.py(2KB)
--------all_simple_paths.py(4KB)
--------generate_batch_cmd_for_Cogent_family_finding.py(2KB)
--------splice_cycle.py(5KB)
--------BioReaders.py(19KB)
--------__init__.py(374B)
--------splice_align.py(3KB)
--------Utils.py(7KB)
--------generate_batch_cmd_for_Cogent_reconstruction.py(1KB)
--------helper_scripts()
--------gff3_to_collapsed.py(253B)
--------process_kmer_to_graph.py(7KB)
--------draw_kmer_graphs.py(3KB)
--------sanity_checks.py(3KB)
--------reconstruct_contig.py(14KB)
--------run_mash.py(4KB)
--------MinimapIO.py(5KB)
--------process_path.py(6KB)
--------splice_graph.py(29KB)
--------settings.py(219B)
--------test()
--------GFF.py(44KB)
----test_data()
--------test_human.fa(47KB)
--------test_human.weights(208B)
----obsolete()
--------process_kmer_to_graph.py_log(8KB)
--------run_blast.sh(465B)
--------make_splice_graph.py_log(217B)
--------test.py_log(4KB)
--------post_aloha.py_log(1KB)
--------extract_from_fastq_some_locus.py_log(229B)