文件名称：GEOparse:用于访问基因表达综合数据库（GEO）的Python库
文件大小：282KB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-06-12 22:10:25
bioinformatics rna-seq microarray rna-sequencing geo-database
GEOparse 用于访问基因表达综合数据库（GEO）的Python库。 GEOparse是python软件包，可用于从Gene Expression Omnibus数据库（GEO）查询和检索数据。 它的灵感和基础是伟大的R库GEOquery。 免费软件：BSD许可证 文档： : 。 特征 将GEO系列，数据集等下载为SOFT文件 下载GEO系列的补充文件以在本地使用 将GEO SOFT加载为易于使用和操作的对象 准备要上传的数据 安装 在命令行中： $ pip install GEOparse 去做 仍有工作要做，因此欢迎任何贡献。 您报告的任何错误/错误都会改善库。 主要问题是： 添加检查与SOFT文件的兼容性 扩展具有有用功能的GEOTypes对象，以进行差异表达分析 分享你的想法 添加更多测试-这始终是个好主意:)
【文件预览】：
GEOparse-master
----MANIFEST.in(308B)
----.travis.yml(1023B)
----README.rst(1KB)
----docs()
--------history.rst(27B)
--------conf.py(8KB)
--------output_43_1.png(51KB)
--------usage.rst(7KB)
--------Analyse_hsa-miR-124a-3p_transfection_time-course.rst(20KB)
--------make.bat(6KB)
--------installation.rst(402B)
--------modules.rst(61B)
--------authors.rst(27B)
--------GEOparse.rst(739B)
--------output_20_0.png(38KB)
--------Makefile(7KB)
--------introduction.rst(26B)
--------index.rst(520B)
--------contributing.rst(32B)
----AUTHORS.rst(320B)
----CONTRIBUTING.rst(3KB)
----tests()
--------GSM32878.txt(839B)
--------GPL20814_family.soft(4KB)
--------soft_ex_family.txt(22KB)
--------GSM2795971.txt(423B)
--------pytest.ini(55B)
--------test_merged_by_id_and_averaged_by_gb_acc.tab(924B)
--------test_GEOparse.py(24KB)
--------seed-mirza-g_all_mirnas_per_gene_scores_miR_124a.tab(99KB)
--------GPL4133.txt(6KB)
--------__init__.py(52B)
--------GPL4134.txt(6KB)
--------test_sample_pivoted_by_value_and_annotated_by_gbacc.tab(1013B)
--------test_sample_pivoted_by_value.tab(828B)
--------GSE6207_experiments.tab(432B)
--------test_gsm_annotated.tab(1KB)
--------Analyse_hsa-miR-124a-3p_transfection_time-course.ipynb(159KB)
--------GSE105845_family.soft(2KB)
----tox.ini(272B)
----LICENSE(1KB)
----.isort.cfg(113B)
----src()
--------GEOparse()
----HISTORY.rst(4KB)
----requirements.txt(143B)
----project.toml(135B)
----setup.py(2KB)
----.gitignore(567B)
----Makefile(2KB)
----scripts()
--------geo2fastq(3KB)
----.editorconfig(291B)
----.flake8(130B)
----.pre-commit-config.yaml(398B)