cgnet:学习粗粒度力场

时间:2024-06-03 06:57:45
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文件名称:cgnet:学习粗粒度力场

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更新时间:2024-06-03 06:57:45

Python

网络 分子动力学粗粒化() 依存关系 必需的: numpy pytorch (1.2或更高版本) scipy 可选的: mdtraj (仅适用于cgnet.molecule ) pandas (仅适用于cgnet.molecule ) sklearn (用于测试) Jupyter ( examples ) matplotlib ( examples ) 用法 克隆存储库: git clone git@github.com:coarse-graining/cgnet.git 安装所有缺少的依赖项,然后运行: cd cgnet python setup.py install 笔记 为了与pytorch==1.1兼容,请使用pytorch-1.1分支。 该分支当前不包括变量大小和Langevin动态的更新,也没有某些规范化选项。 引用 请引用预印本: @article


【文件预览】:
cgnet-master
----setup.py(924B)
----cgnet()
--------feature()
--------__init__.py(0B)
--------network()
--------tests()
--------molecule()
----.gitignore(105B)
----requirements.txt(23B)
----LICENSE(1KB)
----devtools()
--------changelog.md(188B)
--------README.md(4KB)
----.github()
--------PULL_REQUEST_TEMPLATE.md(179B)
----examples()
--------data()
--------figs()
--------Variable-Sized-Data-With-CGSchNet.ipynb(23KB)
--------Training-A-Coarse-Grained-Force-Field.ipynb(23KB)
--------CG-Force-Fields-With-SchNet-Embeddings.ipynb(21KB)
----README.md(2KB)

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