文件名称：dbnmatlab代码-Drosophila-DBN:果蝇DBN项目的MATLAB代码
文件大小：716KB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-06-16 10:53:25
系统开源
dbn matlab代码果蝇DBN 果蝇动态贝叶斯网络（DBN）项目的MATLAB代码 介绍 能够从时空表达数据推断基因调控网络是生物学中的主要问题。 本文提出了一种新的动态贝叶斯网络方法，我们通过使用果蝇果蝇的缺口基因问题来进行基准测试，并具有现实地推断基因调控网络和产生高质量模拟的能力。 本文解决了当前与时空基因推断相关的实际问题，例如计算时间和参数脆弱性，同时获得了与我们的地面真实网络相似的基因调控网络和矩阵。 拟议的建模框架可在现代笔记本电脑上在10-15秒内计算出基因调控网络。 有效消除问题的计算障碍，并允许将来处理具有更大基因数量的基因调控网络。 除了产生基因调控矩阵，我们的方法还产生了空缺基因问题的基因激活水平的高质量模拟。 此外，与许多竞争性问题的表述不同，所提出的模型本质上是概率性的，因此可以进行统计推断。 最后，使用贝叶斯统计，我们对拟议的基因调控网络的拓扑结构和调控权重进行了稳健性测试。
【文件预览】：
Drosophila-DBN-master
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----MATLAB()
--------fitMdl.m(8KB)
--------mk_dataStack.m(1KB)
--------mk_regulation_matrix.m(1KB)
--------performance_analysis.m(1KB)
--------data_trf.m(796B)
--------search_dbn.m(4KB)
--------get_parameters.m(803B)
--------main.m(755B)
--------mk_simulation_figure.m(3KB)
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--------mk_figure.m(2KB)
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--------get_network.m(1KB)
----Figures()
--------simulation_constML_euler.png(328KB)
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----Specific_Nature_Communications()
--------submission_guide_ng.pdf(110KB)
--------submission_guide_ncomms.pdf(113KB)