文件名称：slidesort-bpr
文件大小：14.28MB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-06-12 17:55:32
R
幻灯片放映 染色体重排事件是由DNA分子的异常断裂和重新结合引起的。 他们负责许多与癌症相关的疾病。 因此，检测DNA断裂和修复机制可能会提供有关这些疾病的病理原因和诊断/治疗目标的重要线索。 但是这种努力也带来了巨大的挑战，因为一个人到另一个人的结构变异和基因组是不同的。 通过参考基因组进行中间比较可能会导致丢失信息。 与当前使用参考基因组的方法不同，我们开发了一种方法，可以通过观察两个（或多个）NGS短读样本之间的差异直接检测断点读。 Slidesort-BPR是用C ++实现的命令行工具。 输入格式 可接受多快速格式。 断点读取检测器接受DNA序列和蛋白质序列。 > seq 1 ATGCTAGCTGATACATCTAGCTCGTACGTACGTCAGTCGTAGT CTGACTGACTAGCTAGCTAGCATCGTACGTACGTCGTAGCTAC > seq 2 ATGC
【文件预览】：
slidesort-bpr-master
----cancer.fasta(21.95MB)
----mscls.h(11KB)
----bpr-detector(122KB)
----libmslidesort.so(56KB)
----common.h(840B)
----TABLE.txt(4KB)
----parallelslidesort.h(7KB)
----param.h(2KB)
----README.md(3KB)
----normal.fasta(21.95MB)
----scripts()
--------empirical.tab(42KB)
--------.Rhistory(433B)
--------theor_est_general.r(10KB)
--------plot_emp_theor_new_with_fntn_FINAL.r(15KB)
----libslidesort.so(158KB)