文件名称：matlab集成c代码-PEP:聚醚醚酮
文件大小：3.28MB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-06-10 20:13:27
系统开源
Matlab集成的c代码 PEP（预测增强剂促进剂相互作用） PEP是用于预测远程增强子-启动子相互作用（EPI）的框架，该框架结合了两种直接从增强子和启动子元件的DNA序列中提取特征的策略。 PEP中有三个模块，分别是PEP-Motif，PEP-Word和PEP-Integrate。 PEP-Integrate结合了从PEP-Motif和PEP-Word生成的选定功能。 在三个模块中的每个模块中都使用了梯度树增强，以基于增强子-启动子对的各个特征表示来训练EPI的预测器。 在PEP母题中，我们在EPI所涉及的序列中搜索已知转录因子结合位点（TFBS）主题的模式。 然后，将这些TFBS基序的标准化出现频率用作代表增强子或启动子的特征。 在PEP-Word中，我们使用单词嵌入模型将增强子和启动子区域的序列嵌入到新的特征空间中。 然后，每个序列由连续特征向量表示。 在PEP-Motif和PEP-Word模块中，成对区域的单个特征向量被连接起来以形成给定增强子-启动子对的特征表示。 PEP方法主要是在TargetFinder [1]使用的E / P（增强剂/促进剂）数据集上进行训练和评估的。
【文件预览】：
PEP-master
----genVecs.py(7KB)
----README.md(12KB)
----Data()
--------GM12878()
--------Learning()
----LICENSE(1KB)
----genUnlabelData.py(1KB)
----genLabelData.py(3KB)
----Datavecs()
--------readme.txt(564B)
----mainPEP.py(17KB)
----processSeq.py(3KB)
----PEP.py(2KB)