文件名称：usher:现有树木上的超快样品放置
文件大小：582KB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-03-29 04:42:21
phylogenetics genome-browser maximum-parsimony usher sars-cov-2
现有树木上的超快速样品放置（UShER） 新：我们现在将在此处共享和更新UShER的预处理过的带突变注释的树对象，以用于公共SARS-CoV-2序列： : UShER是一个程序，可以使用最大的简约性将新样本快速放置到现有系统发育中。 这对于了解新测序的SARS-CoV-2基因组彼此之间以及与先前测序的基因组在全局系统发育中的关系特别有帮助。 由于病毒的系统发育已经非常大（> 100K序列，请参见 ），并且预计会以许多方式增长，因此在大流行期间就已经成为实现基因组接触追踪的重要挑战。在接下来的几个月里折叠。 UShER比具有类似功能的现有工具快得多，并且现已集成到，该不需要UShER的安装和使用专门知识，如下面针对SARS-CoV-2应用程序所述。 如果您希望以独立方式使用UShER，请按照以下步骤操作。 内容 安装UShER 首先，使用以下命令克隆UShER存储库。 git
【文件预览】：
usher-master
----images()
--------phangorn.png(158KB)
--------pre-processing.png(69KB)
--------branch-parsimony-score.png(76KB)
--------placement.png(82KB)
--------usher_logo.png(50KB)
----environment.yml(408B)
----.github()
--------workflows()
----test()
--------global_samples.vcf(1.32MB)
--------myAlignedSequences.fa(149KB)
--------combined.fa(119KB)
--------new_samples.vcf(568B)
--------test_merged.vcf(2KB)
--------NC_045512v2.fa(30KB)
--------Fasta2UShER()
--------global_phylo.nh(10KB)
----Dockerfile(448B)
----LICENSE(1KB)
----src()
--------usher.cpp(79KB)
--------Instrumentor.h(4KB)
--------mutation_annotated_tree.hpp(6KB)
--------usher_mapper.cpp(20KB)
--------mutation_annotated_tree.cpp(42KB)
--------usher_graph.hpp(2KB)
--------matUtils()
----installMacOS.sh(787B)
----.gitignore(68B)
----CMakeLists.txt(3KB)
----parsimony.proto(808B)
----README.md(21KB)
----installUbuntu.sh(652B)
----installCentOS.sh(2KB)