文件名称：FastANI:快速全基因组相似度（ANI）估计
文件大小：2.85MB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-06-01 08:38:11
microbial-genomics C++
FastANI FastANI专为快速，无比对的全基因组平均核苷酸识别（ANI）计算而开发。 ANI被定义为两个微生物基因组之间共有的直系同源基因对的平均核苷酸同一性。 FastANI支持完整和草图基因组装配的成对比较。 它的基本过程遵循与所述类似的工作流程 。 但是，它避免了昂贵的序列比对，并使用作为其基于MinHash的序列映射引擎来计算直系同源映射和比对身份估计。 根据我们对完整基因组和原始基因组进行的实验，其准确性与相当，并且可实现2到3个数量级的加速。 因此，对于大量基因组对的成对ANI计算是有用的。 有关其速度，准确性和潜在应用的更多详细信息，请参见此处：“ ”。 下载并编译 从Github复制该软件，然后按照编译代码。 还有一个选项可以通过下载适用于Linux或OSX的无依赖关系的二进制文件。 使用摘要 产生帮助页面。 快速检查软件使用情况和可用的命令行选项。 $ ./fa
【文件预览】：
FastANI-master
----.gitignore(191B)
----Makefile.in(621B)
----data()
--------Shigella_flexneri_2a_01.fna(4.66MB)
--------Escherichia_coli_str_K12_MG1655.fna(4.48MB)
----src()
--------cgi()
--------common()
--------map()
----LICENSE(11KB)
----configure.ac(1KB)
----INSTALL.txt(2KB)
----scripts()
--------visualize.R(934B)
--------splitDatabase.sh(1KB)
----README.md(7KB)
----bootstrap.sh(8B)