文件名称：mashtree:使用Mash距离创建树
文件大小：50.45MB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-06-03 18:42:01
tree bioperl mash mash-distances Perl
混搭树 使用Mash距离创建树。 有关简单用法，请参见mashtree --help 。 这是一个示例命令： mashtree *.fastq.gz > tree.dnd 对于置信度值，请使用--help ： mashtree_bootstrap.pl或mashtree_jackknife.pl 。 两种模式：快速或准确 输入文件：fastq文件被解释为原始读取文件。 Fasta，GenBank和EMBL文件被解释为基因组程序集。 上述任何文件类型也都接受压缩文件。 您可以使用gz，bz2或zip压缩。 输出文件：Newick（.dnd）。 如果提供了--outmatrix ，那么距离矩阵也将提供。 有关更多信息，请参见文档。 快点 mashtree --numcpus 12 *.fastq.gz [*.fasta] > mashtree.dnd 更准确的 您可以使用最小丰度查
【文件预览】：
mashtree-master
----paper()
--------paper.bib(5KB)
--------Mashtree_workflow.png(27KB)
--------Jackknife_workflow.png(117KB)
--------Bootstrap_workflow.png(66KB)
--------paper.md(9KB)
----.github()
--------ISSUE_TEMPLATE()
----t()
--------06_jackknifingHashes.t(4KB)
--------file-of-files.txt(104B)
--------04_fileoffiles.t(767B)
--------08_bootstrap.t(3KB)
--------10_sqlite.t(2KB)
--------03_subsample.t(1KB)
--------filetypes()
--------02_lambda.t(4KB)
--------lambda()
--------01_filetypes.t(2KB)
--------00_env.t(1KB)
----Makefile.PL(4KB)
----lib()
--------Mashtree()
--------Mashtree.pm(17KB)
----CONTRIBUTING.md(929B)
----.travis.yml(2KB)
----plugins()
--------mashtree_optimize.pl(5KB)
--------README.md(594B)
----LICENSE(34KB)
----CHANGES(299B)
----README.md(5KB)
----docs()
--------TROUBLESHOOTING.md(477B)
--------SQL.md(2KB)
--------ALGORITHM.md(6KB)
--------TIPS.md(2KB)
--------INSTALL.md(2KB)
----MANIFEST(865B)
----misc()
--------mashtree ASM NGS.pptx(1.7MB)
--------.dummy(1B)
----bin()
--------mashtree_init.pl(14KB)
--------mashtree_bootstrap.pl(8KB)
--------mashtree_jackknife.pl(13KB)
--------mashtree_cluster.pl(4KB)
--------mashtree(18KB)
--------min_abundance_finder.pl(7KB)
--------mashtree_wrapper_deprecated.pl(9KB)