SPmirnaseq:工作流程模板

时间:2024-05-01 02:38:08
【文件属性】:

文件名称:SPmirnaseq:工作流程模板

文件大小:462KB

文件格式:ZIP

更新时间:2024-05-01 02:38:08

workflow development systempiper-workflows systempiper mirna-seq

斯米纳什克 介绍 安装 if ( ! requireNamespace( " BiocManager " , quietly = TRUE )) { install.packages( " BiocManager " ) } BiocManager :: install( ' systemPipeR/SPmirnaseq ' ) 用法 管道摘要 阅读预处理 使用preprocessReads函数进行preprocessReads 用TrimGalore进行预处理! Trimmomatic预处理 FASTQ质量报告 与参考基因组比对 针对miRBase成熟miRNA的比对 与miRBase发夹对齐 miRNA / isomiR注释 新型microRNA(miRDeep2,miRPara,sRNAbench)的预测


【文件预览】:
SPmirnaseq-master
----.gitignore(12B)
----NAMESPACE(46B)
----vignette()
--------SPmirnaseq.Rmd(12KB)
--------fastqReport.png(505KB)
--------bibtex.bib(1KB)
----.Rbuildignore(44B)
----.github()
--------workflows()
----README.md(739B)
----inst()
--------rmarkdown()
----DESCRIPTION(774B)

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