【文件属性】：
文件名称：pdb_correlation_extraction:从多状态pdb蛋白质坐标中提取相关性
文件大小：6.29MB
文件格式：ZIP
更新时间：2021-03-31 02:15:09
Python
pdb_correlation_extraction
从多状态pdb蛋白质坐标中提取相关性
所需软件：
Python3
设置一个新的python环境
python3 -m venv venv
source venv/bin/activate
pip install -r requirements.txt
用以下方法分析您的多状态蛋白质束PDB的相关性
python allosteryExtraction.py bundle_path --nstates=2 --mode=backbone --graphics=True
# Demo example:
python allosteryExtraction.py demo.pdb
参数：
bundle： str，pdb文件的路径
nstates： int，蛋白质状态数，默认= 2
模式： str，变构模式，默认=骨干
可以是以下之一
【文件预览】：
pdb_correlation_extraction-main
----.gitignore(6B)
----README.md(2KB)
----allostery()
--------hist_ang_backbone.png(13KB)
--------ang_ig_backbone.csv(17KB)
--------heatmap_dist_backbone.png(8KB)
--------bundle_vis_backbone.py(1KB)
--------cornet_dist_backbone()
--------allostery_backbone.txt(75B)
--------cornet_ang_backbone()
--------hist_dist_backbone.png(12KB)
--------heatmap_ang_backbone.png(12KB)
--------dist_ig_backbone.csv(12KB)
--------seq_ang_backbone.png(10KB)
--------seq_dist_backbone.png(12KB)
----demo.pdb(1.45MB)
----requirements.txt(308B)
----allosteryExtraction.py(21KB)