文件名称：CompareM:比较基因组学的工具箱
文件大小：380KB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-05-23 20:26:49
Python
比较M 不支持：不幸的是，我不再有时间继续支持CompareM。 作为Kostas实验室的可能会满足您的需求。 注意：CompareM存在一个已知问题，当在某些Linux系统上运行时，可能导致没有识别同系物。 这与“ sort”的不同实现有关。 Titus·布朗有提出一个是解决了这个从Mac OS X中的AAI计算器是一个替代的解决方案。 CompareM是一个软件工具包，支持执行大规模的比较基因组分析。 它提供了各组基因组（例如氨基酸同一性）和各个基因组（例如密码子使用情况）的统计信息。 为计算密集型任务提供了并行实现，以允许扩展到数千个基因组。 通用工作流是作为单一方法提供的，以支持用户轻松采用，并提供了更为细化的界面，以允许有经验的用户利用特定功能。 CompareM是开源的，并根据GNU通用公共许可证（版本3）发布。 比较基因组统计： 基因组之间的平均氨基酸同一性（AAI
【文件预览】：
CompareM-master
----users_guide.pdf(334KB)
----scripts()
--------core_3.py(1KB)
--------createMatrix.py(4KB)
----LICENSE(34KB)
----setup.py(722B)
----README.md(7KB)
----comparem()
--------hierarchical_clustering.py(7KB)
--------lgt_codon.py(8KB)
--------lgt_dinucleotide.py(14KB)
--------VERSION(410B)
--------aai_calculator.py(18KB)
--------codon_usage.py(8KB)
--------main.py(22KB)
--------similarity_search.py(19KB)
--------__init__.py(197B)
--------plots()
--------classify.py(6KB)
--------amino_acid_usage.py(6KB)
--------PCoA.py(4KB)
--------kmer_usage.py(5KB)
----.gitignore(675B)
----bin()
--------comparem(28KB)