文件名称：彩色编码强度的matlab代码-premessa:R包，用于质量和流式细胞仪数据的预处理
文件大小：140KB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-06-12 05:12:13
系统开源
彩色编码强度的matlab代码Premessa premessa是一个R软件包，用于预处理流式细胞和大规模细胞计数数据，包括FCS文件的面板编辑/重新命名，基于微珠的归一化和去条形码。 版权所有2016。Parker癌症免疫疗法研究所 请通过错误/功能请求与我们联系 --->使用该软件之前，请确保具有数据的备份副本！ <- 安装 安装所需的R软件包 您需要安装CRAN提供的devtools软件包以及Bioconductor的flowCore软件包。 premessa的其余依赖项将自动安装 开发工具 打开R会话，键入以下命令，并在出现提示时选择CRAN镜像。 install.packages("devtools") flowCore 打开R会话并键入以下命令 source("http://bioconductor.org/biocLite.R") biocLite("flowCore") 安装premessa 启动R会话并键入以下命令 library(devtools) install_github("ParkerICI/premessa") 这将安装premessa R软件包以及所有必
【文件预览】：
premessa-master
----NAMESPACE(716B)
----DESCRIPTION(452B)
----inst()
--------paneleditor_shinyGUI()
--------debarcoder_shinyGUI()
--------normalizer_shinyGUI()
--------Fluidigm_20plex_barcode_key.csv(391B)
----R()
--------shiny_helpers.R(3KB)
--------normalizer_plotting.R(2KB)
--------plotting_helpers.R(981B)
--------normalize_cytof.R(12KB)
--------package.R(425B)
--------debarcode_cytof.R(12KB)
--------fcs_io.R(7KB)
--------debarcoder_plotting.R(6KB)
--------paneleditor_helpers.R(6KB)
----LICENSE(34KB)
----README.md(22KB)
----man()
--------get_sample_idx.Rd(1KB)
--------debarcode_data_matrix.Rd(925B)
--------write_flowFrame.Rd(426B)
--------rename_fcs_parameters_desc.Rd(831B)
--------concatenate_fcs_files.Rd(894B)
--------debarcode_fcs.Rd(1KB)
--------plot_barcode_channels_intensities.Rd(698B)
--------get_mahalanobis_distance.Rd(1023B)
--------normalizer_GUI.Rd(768B)
--------plot_barcode_separation.Rd(599B)
--------premessa.Rd(552B)
--------normalize_by_pop.Rd(810B)
--------correct_data_channels.Rd(1KB)
--------paneleditor_GUI.Rd(773B)
--------calculate_bcs_separation.Rd(573B)
--------debarcoder_GUI.Rd(482B)
--------get_assignments_at_threshold.Rd(1KB)
--------plot_distance_from_beads.Rd(640B)
--------get_mahalanobis_distance_from_beads.Rd(969B)
--------remove_beads_from_fcs.Rd(846B)
--------copy_keywords.Rd(641B)
--------normalize_folder.Rd(1KB)
--------rename_fcs_parameters_name.Rd(664B)
--------get_barcode_channels_names.Rd(616B)
--------debarcode_data.Rd(992B)
--------get_well_abundances.Rd(885B)
--------plot_separation_histogram.Rd(424B)
--------read_parameters.Rd(890B)
--------calculate_baseline.Rd(2KB)
--------remove_beads_from_file.Rd(705B)
--------plot_all_barcode_biaxials.Rd(503B)
--------plot_barcode_yields.Rd(903B)
--------as_flowFrame.Rd(1KB)
--------identify_beads.Rd(720B)
--------rename_parameters_in_files.Rd(1KB)
--------read_barcode_key.Rd(455B)
----.gitignore(58B)