文件名称：SingleMoleculeFootprinting：用于SMF数据分析的R包
文件大小：4.14MB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-03-16 11:55:08
R
单分子印迹 介绍 SingleMoleculeFootprinting是围绕构建的R软件包，专门用于分析单分子足迹（SMF）数据。 SMF是在开发的一种高通量测序技术。 它包括使用外源甲基转移酶在GpC和CpG环境中标记可及的基因组胞嘧啶，以及随后进行的亚硫酸氢盐测序（BS）。 因此，受DNA相互作用蛋白（例如TF，核小体，GTF等）结合保护的胞嘧啶将被甲基化，而可及的胞嘧啶将被甲基化。 使用本程序包，我们提供了从对齐的bam文件到单个站点结果的生物学解释，执行基本SMF数据分析的功能。 前言：预处理SMF数据 为了确保与我们的下游工具兼容，我们建议使用QuasR函数对齐测序读数，如下所示 cl = makeCluster( 40 ) prj = QuasR :: qAlign( sampleFile = sampleFile , genome = geno
【文件预览】：
SingleMoleculeFootprinting-main
----.gitignore(84B)
----NAMESPACE(1KB)
----vignettes()
--------.gitignore(72B)
--------SingleMoleculeFootprinting.html(16.24MB)
--------SingleMoleculeFootprinting.Rmd(14KB)
----R()
--------plot_single_molecule_examples.r(8KB)
--------utilities.r(5KB)
--------single_molecule_manipulation_functions.r(4KB)
--------context_methylation_functions.r(15KB)
--------sequencing_QCs.r(6KB)
----.Rbuildignore(82B)
----SingleMoleculeFootprinting.Rproj(386B)
----man()
--------CallContextMethylation.Rd(858B)
--------GetQuasRprj.Rd(320B)
--------HierarchicalClustering.Rd(396B)
--------PlotAvgSMF.Rd(487B)
--------SampleCorrelation.Rd(854B)
--------SingleTFStateQuantificationPlot.Rd(458B)
--------TFpairStates.Rd(267B)
--------BinMethylation.Rd(653B)
--------PlotSingleSiteSMF.Rd(1KB)
--------PlotSingleMoleculeStack.Rd(404B)
--------CoverageFilter.Rd(386B)
--------BaitCapture.Rd(613B)
--------SortReadsByTFCluster.Rd(536B)
--------OneTFstates.Rd(268B)
--------StateQuantificationPlot.Rd(432B)
--------GetSingleMolMethMat.Rd(806B)
--------FilterContextCytosines.Rd(487B)
--------CollapseStrands.Rd(486B)
--------TFPairStateQuantificationPlot.Rd(449B)
--------FixOverhang.Rd(455B)
--------FilterByConversionRate.Rd(597B)
--------DetectExperimentType.Rd(354B)
--------ConversionRate.Rd(537B)
--------SortReadsBySingleTF.Rd(525B)
--------CollapseStrandsSM.Rd(734B)
--------SortReads.Rd(544B)
--------PlotSM.Rd(596B)
----README.md(2KB)
----inst()
--------.gitignore(26B)
--------extdata()
----.Rhistory(34KB)
----DESCRIPTION(1KB)