文件名称：GeneDMRs:GeneDMRs是一种R软件包，用于检测基于基因，基因体，CpG岛以及与CpG岛特征相互作用的基因体的差异甲基化区域
文件大小：66.35MB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-03-31 02:11:52
R
基因DMR 基于基因的差异甲基化区域分析 入门 描述 GeneDMRs是一个R软件包，用于检测基于基因（DMG），基因体（DMP，DME，DMI），CpG岛和与CpG岛特征（例如DMG / DMP / DME / DMI_CpG岛和DMG / DMP / DME / DMI_CpG岛岸）。 依存关系 使用注释数据集进行丰富，例如鼠标的“ org.Mm.eg.db” if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE)) install.packages("BiocManager") BiocManager::install(c("devtools", "clusterProfiler", "corrplot", "dplyr", "ffbase", "genomation", "KEGG.db",
【文件预览】：
GeneDMRs-master
----GeneDMRs.Rproj(328B)
----man()
--------Venn_plot.Rd(1013B)
--------Methfile_read.Rd(2KB)
--------Heatmap_plot.Rd(2KB)
--------Meth_difference.Rd(902B)
--------Methmean_site.Rd(995B)
--------Bedfile_read.Rd(3KB)
--------Meth_mean.Rd(2KB)
--------Group_cpgfeature_boxplot.Rd(2KB)
--------Methmean_region.Rd(6KB)
--------Group_boxplot.Rd(1KB)
--------Feature_pieplot.Rd(2KB)
--------Volcano_plot.Rd(2KB)
--------Enrich_plot.Rd(3KB)
--------refseqfile_check.Rd(869B)
--------Logic_regression.Rd(2KB)
--------Chromosome_pieplot.Rd(2KB)
--------Window_divide.Rd(702B)
--------Significant_filter.Rd(2KB)
--------DMC_methfile_QC.Rd(786B)
--------Correlation_plot.Rd(934B)
--------chromosmoe_sort.Rd(559B)
--------Manhattan_plot.Rd(1KB)
--------GeneDMRs.Rd(882B)
--------Boxplot_trans.Rd(506B)
--------Genebody_cpgfeature_boxplot.Rd(2KB)
--------Circos_plot.Rd(3KB)
--------Pvalue_adjusted.Rd(1KB)
--------DMC_feature.Rd(2KB)
--------Sample_boxplot.Rd(2KB)
--------Quick_GeneDMRs.Rd(2KB)
--------Methfile_QC.Rd(2KB)
--------Cpgfeature_boxplot.Rd(2KB)
--------Cytofile_read.Rd(1KB)
--------Regionfile_read.Rd(690B)
--------Quick_DMCs.Rd(789B)
----NAMESPACE(1KB)
----methdata()
--------1_3.gz(7.97MB)
--------siteall_Qvalue.Rdata(16.76MB)
--------genefeatureall_cpgfeature_Qvalue.Rdata(2.19MB)
--------refseq.bed.txt(6.29MB)
--------1_2.gz(7.92MB)
--------regiongeneall_Qvalue.Rdata(1.07MB)
--------2_1.gz(6.6MB)
--------1_1.gz(7.27MB)
--------regiongeneall_cpgfeature_Qvalue.Rdata(1022KB)
--------regiongenebodyall_Qvalue.Rdata(3.12MB)
--------cytoBandIdeo.txt.gz(4KB)
--------2_2.gz(7.75MB)
--------cpgi.bed.txt(502KB)
--------regiongenebodyall_cpgfeature_Qvalue.Rdata(2.19MB)
--------siteall_significant_feature.Rdata(378KB)
--------DEgenes.txt(6KB)
----LICENSE(7KB)
----GeneDMRs.pdf(336KB)
----vignettes()
--------GeneDMRs.Rmd(3KB)
----.gitignore(581B)
----R()
--------Box_plot.R(18KB)
--------Venn_plot.R(2KB)
--------Quick_start.R(6KB)
--------File_read.R(26KB)
--------Circos_plot.R(6KB)
--------Heatmap_plot.R(4KB)
--------Window_divide.R(2KB)
--------Correlation_plot.R(3KB)
--------DMR_test.R(20KB)
--------Methfile_QC.R(7KB)
--------Manhattan_plot.R(8KB)
--------Methmean_match.R(20KB)
--------Enrich_plot.R(8KB)
--------Pie_plot.R(15KB)
----DESCRIPTION(630B)
----README.md(3KB)