【文件属性】:
文件名称:阅读中的引物
文件大小:2KB
文件格式:ZIP
更新时间:2021-02-12 03:35:52
Python
搜索读物中的引物
bbduk_search_for_primers.py自述文件
依存关系
python3 python-dev(sudo apt-get安装python-dev),bbduk.sh(可以使用conda安装-
conda install -c bioconda/label/cf201901 bbmap)
或者,可以通过从以下位置下载源代码来本地安装:
https://github.com/BioInfoTools/BBMap/blob/master/sh/bbduk.sh
目标
search-primers-in-reads.py是一个使用python语言的脚本,旨在自动执行读取中的搜索引物序列。
该脚本使用.txt文件中的引物列表来仅提取读物,并且在读物的两面都有引物。
输入
带有引物的输入文件应具有.txt扩展名
示例:primers_file.txt
引物格式
【文件预览】:
search-primers-in-reads-main
----bbduk_search_for_primers_in_reads.py(2KB)
----README.md(2KB)