文件名称:matlabhill代码-SuperfineBear:在Superfine/Bear实验室中创建的脚本和代码
文件大小:5.9MB
文件格式:ZIP
更新时间:2024-06-12 21:29:33
系统开源
Matlab
Hill代码超细熊
在UNC
Chapel
Hill生物学,物理和天文学,应用物理科学和Lineberger综合癌症中心的Superfine
/
Bear实验室中创建的脚本和代码
在细胞移动性和牵引力显微镜研究中涉及自动工作流程的各种代码和脚本。
包括对GPL下提供的Danuser
TF代码的编辑,用于自动化图像分析的matlab脚本,用于自动化图像按摩和初始处理的FIJI宏。
提供了基本的TF后分析代码。
分为几个部分;
基于MATLAB的图像处理工具箱(现在以GUI形式!),特定于我们的图像分析管道的FIJI
/
matlab宏/脚本以及其他杂项脚本和代码,实现了区域分割和自动单元跟踪。
包括一小部分示例图像,以方便脚本测试。
Copyright
(C)
<2020>
【文件预览】:
SuperfineBear-master
----Image Processing()
--------Process_Folder_split_channels.ijm(3KB)
--------tractionMapConverter.m(1KB)
--------Process_Folder_Split_Two_Channels.ijm(3KB)
--------Process_Folder_split_three_channels.ijm(3KB)
--------Zstack initial processing.ijm(5KB)
--------Process_Folder_Concat_Relax.ijm(3KB)
--------Process_Folder_3D_Drift_Correction.ijm(2KB)
----MasterGUI.mlapp(24KB)
----LICENSE(34KB)
----Luca Menozzi Contributions()
--------Matfile Data Strip(2KB)
--------organizematdata.m(2KB)
----NascentAdhesionTracker()
--------Sample Images()
--------NascentAdhesionTracker.m(5KB)
----README.md(1KB)
----Area Segmentation and Tracking Scripts()
--------Simple Tracker()
--------Sample Images Tracking Output()
--------backgroundSubtract.m(3KB)
--------TestCorrelations.m(1KB)
--------BackgroundSubtract.mlapp(19KB)
--------padconcatenation license.txt(1KB)
--------PeriodicityAnalysis.m(4KB)
--------TFmetricananalysis.m(5KB)
--------CellMaskGeneratorFastv1app.m(3KB)
--------Untitled.m(301B)
--------TrackCells.m(3KB)
--------CellMaskGeneratorFastv1.m(3KB)
--------TFmetricananalysisv3.m(6KB)
--------Sample Images()
--------GetSubDirsFirstLevelOnly.m(373B)
--------computeCellAreasfunc.m(2KB)
--------CentroidDisplace.m(4KB)
--------MaskTMapVisualize.m(550B)
--------padconcatenation.m(2KB)
--------Areasegmentappv3a.mlapp(37KB)
--------computeCellPerimeterfunc.m(2KB)
--------autoCorrelate.m(1KB)
--------computeAverageTractionForcefunc.m(2KB)
--------appImageThresholdingv2.m(4KB)
--------computeCorrelationStatistics.asv(3KB)
--------Script toolbox dependencies.txt(206B)
--------computeStrainEnergyDensityfunc.m(3KB)
--------computeNetContractileMomentfunc.m(6KB)
--------computeCorrelationStatistics.m(3KB)
--------ComputeNetContractileMoment.m(7KB)
--------ImageThresholdingv2.m(4KB)
--------readme.txt(262B)
--------TFmetricananalysisv2.m(5KB)