文件名称：hla-prs-toolkit:工具包可帮助生成包括HLA交互条件在内的高级多基因风险评分
文件大小：165KB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-04-19 00:08:31
Python
HLA的多基因风险评分（PRS）工具包 请注意，术语多基因风险评分（PRS）和遗传风险评分（GRS）可互换使用。 此页面包含脚本和工具的集合，并针对已发布的基于单核苷酸多态性（SNP）的常见多基因疾病/性状的多基因风险评分（PRS）进行了解释，其中人类白细胞抗原（HLA）区域上位性（基因与基因相互作用）是建模。 此外，我们提供了说明和资源，以在公开的1000个基因组数据中验证您自己的脚本。 这项工作是埃克塞特大学和其他地方的研究人员的共同努力，请参阅以下相应出版物的参考。 对此页面上的代码有任何疑问，请通过电子邮件（ ）与Seth Sharp联系。 如果您对此处使用的个人PRS有任何疑问，请联系引用的相关出版物的相应作者。 要求 所有脚本都设计为可在bash或兼容的Shell环境中运行。 需要 。 Python / （版本3.8）。 PLINK基因分型数据（.bed / .bi
【文件预览】：
hla-prs-toolkit-main
----Snplists()
--------T1D_GRS30()
--------T1D_GRS10()
--------T1D_GRS67()
--------CD_GRS42()
----Tutorials()
--------Basic_Guide_to_HLA.pdf(108KB)
----LICENSE(34KB)
----Scripts()
--------Run.sh(309B)
--------demo()
--------2_cat2scores.py(2KB)
--------1_plink2call.py(4KB)
----README.md(5KB)