文件名称：em算法matlab代码-SPT_LocAndTrack:SPT_LocAndTrack
文件大小：27.54MB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-06-15 11:16:51
系统开源
em算法matlab代码各向异性 该存储库由Anders Sejr Hansen维护 该代码与McSwiggen等人的论文“ DNA介导的核区室分离的证据不同于相分离”有关。 eLife，2019年。 本地化和跟踪代码概述 该存储库包含用于处理Nikon的nd2格式或TIFF格式的原始SPT电影的Matlab代码。 它包含用于多个不同目的的多个脚本（例如，fastSPT，slowSPT，PALM等），但是它们都具有相同的一般结构。 用户打开脚本，调整参数，告诉它在哪里可以找到电影以及在哪里保存轨迹，最后单击“运行”。 下面，我们将详细描述代码，然后简要介绍如何使用它。 该存储库还包含一个GUI（图形用户界面）。 请参阅下面的使用方法。 多目标跟踪算法 该代码使用多目标跟踪（MTT）算法（请参阅以下参考文献）。 在使用它之前，请详细阅读该文件以了解其工作原理以及每个参数的功能。 示例指南-如何在nd2文件上运行代码 警告：此代码使用BioFormats读取nd2文件。 某些版本的BioFormats与某些Nikon nd2版本不兼容。 发生这种情况时，BioFormats会弄乱，重新缩放
【文件预览】：
SPT_LocAndTrack-master
----SLIMfast_GUI()
--------evalSPT.m(269KB)
--------SLIMfast_fastSPT_JF549.m(419KB)
--------SLIMfast_fastSPT_JF646.m(419KB)
--------Manuel SLIMfast.docx(1.05MB)
----.DS_Store(6KB)
----ParallelProcess_slowSPT_JF646.m(8KB)
----SerialProcess_fastSPT_JF646.m(7KB)
----SerialProcess_fastSPT_JF549.m(8KB)
----MemoryEfficientND2reader.m(1KB)
----SerialProcess_PALM_JF646.m(7KB)
----Batch_MTT_code()
--------detect_et_estime_part_1vue_deflt.m(2KB)
--------buildTracks2_ASH.m(37KB)
--------.DS_Store(6KB)
--------localizeParticles_ASH.m(2KB)
--------deflat_part_est.m(1KB)
--------carte_H0H1_1vue.m(2KB)
--------streamToDisk.m(959B)
--------main.m(2KB)
--------localizeParticles.m(2KB)
--------bfmatlab()
--------loadtiff.m(5KB)
--------deplt_GN_estimation.m(3KB)
--------estim_param_part_GN.m(2KB)
--------buildTracks2.m(37KB)
--------saveastiff_4.0()
--------all_max_2d.m(565B)
--------expand_w.m(316B)
--------localizeParticlesPar.m(2KB)
--------detect_et_estime_part_1vue.m(1KB)
--------localizeParticles_ASH_old.m(2KB)
--------detect_et_estime_part_1vue_deflt_backup.m(1KB)
--------gausswin2.m(463B)
----LICENSE.md(34KB)
----README.md(9KB)
----SerialProcess_PALM_JF549.m(7KB)
----ParallelProcess_fastSPT_JF549.m(9KB)
----SerialProcess_PALM_2color_549_646_ND2_v3.m(9KB)
----ParallelProcess_fastSPT_JF646.m(8KB)
----SerialProcess_fastSPT_JF549_TIFF.m(6KB)
----tiffread.m(17KB)
----SerialProcess_fastSPT_2color_549_646.m(11KB)
----MemoryEfficientND2reader_2colors.m(2KB)