文件名称：ScaffMatch:最大重量匹配脚手架
文件大小：23KB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-06-29 17:17:08
Python
ScaffMatch README 页面——佐治亚州立大学——2014 年 12 月 ScaffMatch v0.9 Igor Mandric - Alex Zelikovsky 电子邮件： 软件说明： ScaffMatch 是一种基于最大权重匹配的新型脚手架工具，能够从 NGS 数据（读取和重叠群）中生成高质量的脚手架。 该工具是用 Python 2.7 编写的。 它还包括一个 bash 脚本包装器，它会调用 aligner，以防需要首先将读取映射到重叠群（而不是提供 .sam 文件）。 ScaffMatch 接受的参数是： -w) 工作目录 - 这是存储 ScaffMatch 文件的目录。 这些是在将读取映射到重叠群后生成的 .sam 文件以及由此产生的脚手架文件scaffolds.fa fasta 文件； -c) Contig fasta 文件； -m) 没有选项的命
【文件预览】：
ScaffMatch-master
----scaffmatch.py(5KB)
----pipeline()
--------pipeline.py(2KB)
--------__init__.py(0B)
----alignment()
--------__init__.py(0B)
--------graph.py(15KB)
----nice.txt(420B)
----LICENSE(1KB)
----install.sh(831B)
----fasta()
--------io.py(14KB)
--------__init__.py(0B)
----matching()
--------matching.py(19KB)
--------__init__.py(0B)
----INSTALL(1KB)
----.gitignore(115B)
----README.md(4KB)
----scaffmatch(10KB)