文件名称：pyBWA:与 BWA 映射器交互的 Python 库
文件大小：7.55MB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-06-18 19:24:41
Python
PWA 与 BWA 映射器交互的 Python 库 目标是使从任何 python 脚本运行 bwa 变得非常容易 需要 bwa 在您的环境路径中 安装 git clone https://github.com/VDBWRAIR/pyBWA.git python setup.py install 简单示例 import bwa import sys reference_path = sys . argv [ 1 ] read_path = sys . argv [ 2 ] # Ensure reference is indexed bwa . index_ref ( reference_path ) # Setup and run bwa mem mem = bwa . BWAMem ( reference_path , read_path ) retstat = mem . run (
【文件预览】：
pyBWA-master
----CHANGELOG.rst(113B)
----requirements.txt(3B)
----.travis.yml(365B)
----tox.ini(287B)
----setup.py(2KB)
----README.md(2KB)
----tests()
--------util.py(2KB)
--------ref.fa(10KB)
--------input.fastq.gz(792KB)
--------test_install.py(1KB)
--------requirements.txt(27B)
--------test_seqio.py(8KB)
--------input.sff.gz(3.37MB)
--------test_bwa.py(17KB)
--------input.sff(6.62MB)
----.gitignore(191B)
----bin()
--------sai_to_bam(1KB)
--------map_bwa.py(62B)
----bwa()
--------_version.py(23B)
--------bwa.py(15KB)
--------__init__.py(0B)
--------install.py(3KB)
--------bwa_mem.py(3KB)
--------seqio.py(4KB)