文件名称：tombo:Tombo是一套工具，主要用于从原始的纳米Kong测序数据中鉴定修饰的核苷酸
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更新时间：2024-06-04 01:16:53
epigenetics Python
通宝 Tombo是一套工具，主要用于从纳米Kong测序数据中鉴定修饰的核苷酸。 Tombo还提供了用于分析和可视化原始纳米Kong信号的工具。 有关所有Tombo命令和算法的详细文档可以在上找到。 特征 修改后的碱基检测 支持DNA和直接RNA 三种检测算法支持广泛的应用 替代模型（首选） 样品比较 从头开始 参考锚定原始信号虚拟化 原始信号分析python API 用户友好的模型估计方法（含教程） 入门 Conda安装（首选方法） # install via bioconda environment (https://bioconda.github.io/#set-up-channels) conda install -c bioconda ont-tombo 任何Tombo分析的第一步都是重新使原始纳米Kong读段（原始信号与参考序列比对）进行重组。 这将创建一个索引并存储执
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tombo-master
----setup.py(3KB)
----LICENSE.md(18KB)
----.travis.yml(772B)
----MANIFEST.in(103B)
----ONT_logo.png(35KB)
----scripts()
--------outlier_robust_llr.R(1KB)
--------debug_params.R(3KB)
--------plot_multi_correction.py(632B)
--------debug_bandwidth.R(1KB)
--------plot_single_read.py(1KB)
--------debug_est_alt.R(6KB)
--------dump_per_read_statistics.py(2KB)
--------plot_correction.py(467B)
--------test_beta_priors.R(398B)
----README.rst(6KB)
----docs()
--------rna.rst(4KB)
--------tutorials.rst(10KB)
--------examples.rst(9KB)
--------index.rst(5KB)
--------conf.py(11KB)
--------modified_base_detection.rst(18KB)
--------filtering.rst(4KB)
--------_images()
--------plotting.rst(9KB)
--------resquiggle.rst(19KB)
--------text_output.rst(5KB)
--------model_training.rst(15KB)
----tombo()
--------tombo_helper.py(96KB)
--------_filter_reads.py(13KB)
--------R_scripts()
--------__init__.py(3KB)
--------resquiggle.py(88KB)
--------tombo_stats.py(202KB)
--------_default_parameters.py(6KB)
--------tests()
--------_plot_commands.py(102KB)
--------_c_helper.pyx(15KB)
--------__main__.py(13KB)
--------_version.py(65B)
--------_option_parsers.py(74KB)
--------tombo_models()
--------_text_output_commands.py(18KB)
--------_event_resquiggle.py(53KB)
--------_preprocess.py(19KB)
--------_c_dynamic_programming.pyx(17KB)