文件名称：bioinformatics_util：Morrison实验室的常用脚本和工具
文件大小：6.54MB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-02-28 20:34:31
R
bioinformatics_util 草案 该.R包含R中所有常用的数据处理和分析功能。 plot_script 该目录包含示例draft.R的用法，以及R中的绘图/处理脚本。 align.py 该python3脚本用于使用bowtie2，bwa，STAR和hisat2对齐单端/成对的fastq文件。 相应地更改fastqs，alliger和slurm作业详细信息路径的标题。 runMELT.py 此python3脚本用于为目录中的所有.bam文件提交单独的slurm作业 。 tradseq_to_repenrich2.sh 该Shell脚本将处理通过内部排序方法（Devin King TRAD-Seq）生成的以生成输出。 相应地更改表格顶部以供使用。 extract_uml.sh Devin King编写的tradseq_to_repenrich2.sh的支持脚本。 buil
【文件预览】：
bioinformatics_util-main
----runMELT.py(3KB)
----.gitignore(12B)
----README.md(1KB)
----build_signal_track2.R(5KB)
----extract_umi.sh(311B)
----draft.R(17KB)
----align.py(5KB)
----plot_script()
--------figure3.R(1KB)
--------figure6.R(7KB)
--------figure12.R(4KB)
--------figure7supp_withnorm.R(4KB)
--------figure13.R(4KB)
--------table1.R(4KB)
--------figure11.R(636B)
--------figure1.R(1KB)
--------figure4.R(3KB)
--------get_TAD_val.R(2KB)
--------figure10.R(10KB)
--------figure14.R(1KB)
--------figure7.R(8KB)
--------figure5.R(2KB)
--------chromstatefig.R(6KB)
--------figure2_supp.R(3KB)
--------figure9.R(3KB)
--------.DS_Store(6KB)
--------PCA_plot_example.R(1KB)
--------figure2.R(6KB)
--------figure7summ_nonorm.R(5KB)
--------MELT_plot.R(7KB)
--------figure8.R(5KB)
----.DS_Store(14KB)
----tradseq_to_repenrich2.sh(6KB)
----PCA_subset.rds(6.5MB)