文件名称：GenSeed-HMM:使用DNA，蛋白质或轮廓HMM作为种子的渐进式组装工具。-开源
文件大小：40.79MB
文件格式：TGZ
更新时间：2024-05-20 11:14:04
开源软件
GenSeed-HMM是一个程序，用于种子驱动的渐进式DNA组装。 它在许多方面与以前发布的GenSeed不同，但更明显的是它能够使用HMM概要文件作为种子。 基本上，GenSeed-HMM重复执行三个操作：-通过将它们与种子匹配来募集读物-组装募集的读物（包括先前组装的重叠群）-从所有产生的末端生成新的种子（用于下一轮渐进式组装） contigs第一个种子由用户提供，可以是一段DNA或蛋白质序列，也可以是HMM轮廓，以提高灵敏度。 该程序取决于BLAST +或hmmsearch和许多第三方支持工具（EMBOSS的Transeq和splitter，领结，454的sfffile和sffinfo）。 哪些工具是强制性的，取决于所使用的种子和汇编程序的类型。 当前支持的汇编程序包括CAP3，Newbler，SOAPdenovo，Velvet和Abyss。