文件名称：Lep-Anchor:连锁图引导的基因组锚定-开源
文件大小：234KB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-08-29 23:44:34
开源软件
Lep-Anchor 已被开发用于通过使用 Lep-MAP3 提供的所有信息以及长读取和重叠群-重叠群比对提供的附加信息来有效地将基因组锚定到染色体中，以连接重叠群和折叠单倍型。 Lep-Anchor 支持多个地图上的数百万个标记。 Pasi Rastas，Lep-Anchor：连锁图锚定单倍体基因组的自动构建，生物信息学，btz978，https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btz978
【文件预览】：
propagate4.awk
agplinks.awk
liftover.awk
bin
----ParameterParser.class(7KB)
----Misc.class(3KB)
----ContigInterval$MapComp.class(1KB)
----CoverageAnalyser$Zeta.class(1KB)
----CleanMap.class(15KB)
----PlaceAndOrientContigs.class(123KB)
----Map2Bed$Interval.class(2KB)
----Misc$ArrayIndexComparator.class(2KB)
----InputData.class(14KB)
----FindContigErrors.class(12KB)
----PlaceAndOrientContigs$PossibleError.class(2KB)
----Misc$ArrayIndexComparator2.class(2KB)
----PlaceAndOrientContigs$LongComparator0.class(851B)
----Input.class(6KB)
----PlaceAndOrientContigs$CalculateBest.class(4KB)
----CleanMap$CleanMarker.class(1KB)
----Proximity.class(16KB)
----CoverageAnalyser$Gaussian.class(1KB)
----PlaceAndOrientContigs$LongComparator1.class(851B)
----Misc$LongComparator1.class(780B)
----CoverageHMM.class(12KB)
----Misc$LongComparator0.class(780B)
----CoverageAnalyser.class(9KB)
----Marker.class(4KB)
----LiftoverHaplotypes.class(2KB)
----ContigInterval.class(9KB)
----Map2Bed.class(8KB)
joinIntervals.awk
removeHaplotypes.awk
makeagp2.awk
pickorientation.awk
pickbed.awk
propagate2.awk
propagate.awk
prune.awk
removeOverlaps.awk
makeagp.awk
lepanchor_wrapper2.sh
contigLength.awk
lepanchor_wrapper.sh
src
----Proximity.java(20KB)
----LiftoverHaplotypes.java(1KB)
----CoverageAnalyser.java(12KB)
----Marker.java(3KB)
----Misc.java(6KB)
----Input.java(6KB)
----InputData.java(14KB)
----CoverageHMM.java(17KB)
----FindContigErrors.java(16KB)
----ContigInterval.java(9KB)
----ParameterParser.java(7KB)
----Map2Bed.java(10KB)
----CleanMap.java(17KB)
----PlaceAndOrientContigs.java(159KB)
makeagp_full2.awk
findFullHaplotypes.awk
makeagp_full.awk
makefasta.awk
cleanmap.awk
COPYING
plot_marey.R