文件名称：KEGGTools:一组用于下载和处理KEGG数据库的工具
文件大小：1.3MB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-06-04 05:24:25
kegg-ortholog kegg-pathway-database Python
KEGG工具 一组用于下载和处理KEGG数据库的工具 介绍 KEGG是研究某些生物的蛋白质功能和代谢途径的重要数据库，但是KEGG数据库中的序列不能免费下载。 开发KEGGTools就是为了解决这个问题。 要求 Python 3.5+ 安装 git git clone https://github.com/FlyPythons/KEGGTools.git 或下载 wget https://github.com/FlyPythons/KEGGTools/archive/master.zip unzip mater.zip 例子 下载KEGG数据库 从KEGG下载KEGG生物的信息 python3 download_organism.py --url http://www.kegg.jp/kegg/catalog/org_list.html --out KEGG.org 这将从KEGG
【文件预览】：
KEGGTools-master
----README.md(3KB)
----download_organism.py(2KB)
----examples()
--------human.pep2ko.txt(309KB)
--------KEGG.org(612KB)
--------human.keg(1.84MB)
--------human.pdf(21KB)
--------KEGG.taxonomy(397KB)
--------ko00001.keg(1.92MB)
--------human.org(81B)
--------human.png(86KB)
--------KEGG.ranks(615KB)
--------br08610.keg(617KB)
----LICENSE(1KB)
----common.py(1KB)
----download_proteins.py(3KB)
----makedb.py(2KB)
----plot_keg.py(4KB)
----FastaReader.py(3KB)
----get_ranks.py(3KB)
----process_proteins.py(3KB)
----make_keg.py(3KB)
----download_ko.py(3KB)