文件名称：bifrost_seqsero:在Bifrost中运行seqsero的组件
文件大小：17KB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-04-14 13:33:12
Python
bifrost_seqsero 给定已经添加到bifrostDB中的样本ID，将运行此组件。 如果样品注册为肠沙门氏菌，这将提取paired_reads并使用Seqsero v1预测血清型。 根据Kauffman-White方案，此输出是血清型字符串和血清型名称。
【文件预览】：
bifrost_seqsero-main
----setup.py(458B)
----.gitignore(2KB)
----Dockerfile(3KB)
----requirements.txt(64B)
----LICENSE(1KB)
----setup.cfg(749B)
----.github()
--------workflows()
----README.md(323B)
----tests()
--------test_simple.py(3KB)
----HISTORY.md(4KB)
----bifrost_seqsero()
--------datadump.py(1KB)
--------__init__.py(22B)
--------__main__.py(108B)
--------launcher.py(5KB)
--------pipeline.smk(5KB)
--------config.yaml(3KB)
----envs()
--------SeqSero.yaml(3KB)
----docs()
--------index.rst(467B)
--------history.rst(28B)
--------readme.rst(27B)