文件名称：ikra:RNAseq管线以鲑鱼为中心
文件大小：7.82MB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-04-23 06:38:11
transcript ion illumina salmon gencode
ikra v1.2.3-以Salmon为中心的RNAseq管道 从实验矩阵自动创建基因表达表（基因×样品）。 该输出可用作的输入。 伊克拉（Ikra）是一条以为中心的RNAseq管道。 请注意，必须在本地安装sra-tools。 这取决于NCBI的工具升级。 请安装sra-tools（> = 2.10.7）。 用法 Usage: ikra.sh experiment_table.csv species \ [--test, --fastq, --help, --without-docker, --udocker --protein-coding] \ [--threads [VALUE]][--output [VALUE]]\ [--suffix_PE_1 [VALUE]][--suffix_PE_2 [VALUE]] args
【文件预览】：
ikra-master
----.gitignore(349B)
----.ipynb_checkpoints()
--------quantmerge_gene-checkpoint.R(2KB)
--------README-checkpoint.md(3KB)
--------MakeCountTable_Ion_fastq-checkpoint.sh(6KB)
--------tximport_R-checkpoint.R(794B)
--------bash-checkpoint.ipynb(72B)
--------tximport_R-checkpoint.ipynb(72B)
--------MakeCountTable_Illumina_SRR-checkpoint.sh(8KB)
--------tpTregTconv_rnaseq_experiment_table-checkpoint.csv(373B)
--------quantmerge_gene-checkpoint.ipynb(21KB)
--------MakeCountTable_Ion_SRR-checkpoint.sh(5KB)
--------MakeCountTable_Illumina_trimgalore_SRR-checkpoint.sh(8KB)
----adapters()
--------NexteraPE-PE.fa(239B)
--------TruSeq3-PE.fa(93B)
--------TruSeq2-SE.fa(142B)
--------TruSeq3-PE-2.fa(259B)
--------TruSeq3-SE.fa(119B)
--------TruSeq2-PE.fa(538B)
----quantmerge_gene.R(2KB)
----quantmerge_gene.ipynb(22KB)
----README_ja.md(9KB)
----legacy()
--------MakeCountTable_Illumina_SRR.sh(8KB)
----LICENSE(1KB)
----bash.ipynb(3KB)
----.DS_Store(6KB)
----basicrnaseq_se.cwl(2KB)
----ikra.sh(18KB)
----.github()
--------FUNDING.yml(453B)
----ikra(7B)
----README.md(9KB)
----tximport_R.R(1KB)
----tximport_R.ipynb(17KB)
----.Rhistory(0B)
----ikra_Ion_fastq.sh(6KB)
----img()
--------docker_mac1.png(109KB)
--------salmon1.jpg(83KB)
--------Illumina_PE_fastq_csv.png(94KB)
--------.DS_Store(6KB)
--------docker_mac0.png(81KB)
--------ikra_pipeline.drawio(356KB)
--------ikra.png(254KB)
--------ikra_pipeline.png(417KB)
--------Illumina_PE_test_output.png(295KB)
----ikra_Ion_SRR.sh(5KB)
----test()
--------.ipynb_checkpoints()
--------test.sh(495B)
--------Ion()
--------Illumina_SE()
--------quantmerge()
--------test.full.sh(575B)
--------.DS_Store(6KB)
--------Illumina_PE()
--------cwl_PE()
----cwl_tools()
--------salmon-index.cwl(765B)
--------salmon-quant.cwl(1KB)
--------trim_galore_PE.cwl(624B)