文件名称：论文研究-PPI网络比对用于植物乳杆菌的糖代谢研究.pdf
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文件格式：PDF
更新时间：2022-09-30 04:42:16
论文研究
蛋白质-蛋白质相互作用网络（PPI网络）比对是预测蛋白质相互作用，分析不同物种之间功能差异的重要手段。为研究植物乳杆菌WCFS1和JDM1糖代谢功能模块差异，采用Evolutionary Graph Edit Distance Algorithm算法对两者的糖酵解、戊糖磷酸途径、柠檬酸循环三个模块PPI网络进行比对。实验表明，两者的三个模块边正确性分别达到93.6%、96%、100%，表明其拓扑结构极其相似，戊糖磷酸途径中，WCFS1存在蛋白质2-keto-3-deoxygluconate kinase（kdgK），但JDM1中没有kdgK，却有其产物2-keto-3-deoxy-6-phospho-gluconate aldolase（JDM1_0578）。糖酵解模块中，推测蛋白质pyruvate dehydrogenase complex，E2 component（pdhC）与pyruvate kinase（pyk）具有相互作用。实验表明，PPI网络比对可以阐明两者糖代谢PPI网络的拓扑相似性及模块差异，预测蛋白质之间的相互作用。