【文件属性】：
文件名称：Quickomics：智能查询工具，以直观，交互和信息丰富的方式探索组学数据
文件大小：118.1MB
文件格式：ZIP
更新时间：2021-02-18 12:54:25
R
快速组学
智能查询工具以直观，交互式和信息丰富的方式探索组学数据。
演示站点： :
教程： ：
交互式图1： :
图1.选定的Quickomics函数应用于随时间变化的三种小鼠基因型的小胶质RNA-seq基因表达的数据集。 A）基于完整数据集的PCA突出显示了按小鼠年龄进行的原始样品分离，在该年龄下分离了细胞。 （B）火山图显示了差异表达的基因，与2mo_WT小胶质细胞相比，大多数基因在2mo KO中的表达减少。 出于间隔目的，绝对log2FC（倍数变化）和负log10调整后的p值分别以1.5和15为上限。 （C）两次比较之间的相关性分析表明，衰老和Cx3cr1-KO对基因表达具有相似的影响。 （D）模式聚类识别样品中具有相似表达的基因子集。 聚类主要由年龄驱动，KO基因型具有相似但较小的作用。 （E）所有样品的热图允许鉴定具有受年龄和/或基因型调节的表达的基因簇。
【文件预览】：
Quickomics-master
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--------under-construction.png(74KB)
--------Thumbs.db(43KB)
--------Quickomics.png(37KB)
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----process_uploaded_files.R(13KB)
----ui.R(41KB)
----data()
--------LRRK2_Neuron_Protein.RData(9.62MB)
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----volcano.R(20KB)
----networkdata()
--------LRRK2_Neuron_Protein.RData(8.15MB)
--------AD_PD_Proteomics_data.RData(1.13MB)
--------Mouse_microglia_RNA-Seq.RData(2.28MB)
--------LRRK2_Neuron_RNA.RData(22.32MB)
----venn.R(7KB)
----Supplementary()
--------Supplementary_table_1.xlsx(20KB)
--------Supplementary_tutorial.pdf(8.66MB)
----help.R(6KB)
----kegg()
--------readme.txt(148B)
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--------Example_RNA_Seq_data()
--------microglia_DEG_pathway_genes.csv(2KB)
--------microglia_selected_genes.csv(720B)
--------fig5_all_genes.csv(7KB)
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----vennprojects.R(9KB)
----README.md(6KB)
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