walrus:容器化数据分析管道

【文件属性】：
文件名称：walrus:容器化数据分析管道
文件大小：77KB
文件格式：ZIP
更新时间：2021-05-13 14:57:54
docker pipeline reproducibility Go 海象 walrus是用于使用Docker容器执行数据分析管道的小工具。 这非常简单：walrus从JSON或YAML文件中读取管道描述，并按照该文件中的描述启动Docker容器。 我们已经使用海象开发了用于分析whome-exome以及RNA测序数据集的分析管道。 管道 管道具有名称，管道阶段列表，可选注释和变量。 请参阅下面的示例管道。 流水线阶段 管道阶段具有名称，其基于的Docker映像，它所依赖的管道阶段的列表（例如，如果它依赖于这些阶段的输出）以及在启动时运行的命令。 IO 每个管道阶段都应将任何输出数据写入目录/walrus/STAGENAME ，该目录在启动时会自动安装在/walrus/STAGENAME容器/walrus/STAGENAME 。 walrus会在启动时自动从/walrus/INPUT_STAGENAME依赖关系挂载输入目录。 用户使用-output命令行标

【文件预览】：
walrus-master
----lfs()
--------lfs.go(11KB)
----misc()
--------walrus-200x200.png(4KB)
----pipeline()
--------error.go(220B)
--------pipeline.go(8KB)
--------plot.go(1KB)
--------types.go(704B)
----example()
--------rna-seq()
--------fruit_stand_variables()
--------fruit_stand()
--------clinical-exome()
--------gatk()
--------na12878-truseq()
--------fruit_stand_variables_parallel()
----Dockerfile(1KB)
----web.go(4KB)
----container()
--------container.go(969B)
--------types.go(4KB)
----LICENSE(1KB)
----walrus.go(17KB)
----README.md(9KB)