文件名称：汉明距离matlab代码-mCREATE:创造
文件大小：110KB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-06-21 08:09:12
系统开源
汉明距离matlab代码创造 用于为 Kumar 等人的多路复用 CREATE 论文生成分析和绘图的示例代码。 (2019)。 代码分为三部分：对齐、变异分析和聚类。 Juypter 笔记本中给出的脚本是“演示”版本，在相关的“example_data”子文件夹中包含示例数据或输入文件。 结盟 先决条件 Alignment 使用 Python 3 和 Jupyter notebooks，并依赖于以下 Python 包： jupyter pepars protfarm Pepars 和 Protfarm 可在其各自的 GitHub 存储库中找到： 辣椒： 农场： 脚本 align_and_export.ipynb 此脚本初始化 Protfarm 数据工作区，下载示例 FASTQ 文件，将它们与模板对齐，并计算和导出计数和浓缩数据。 有关 Protfarm 工作区和扩充的更多详细信息，请参阅存储库。 变异分析 变体分析包含一组脚本，用于对计数和扩充 Excel 表进行操作，这些脚本是通过 Protfarm 对齐和导出数据生成的。 运行这些脚本所需的时间大约为 2-5 分钟，具体取决于数据集
【文件预览】：
mCREATE-master
----.gitignore(3KB)
----README.md(4KB)
----LICENSE(2KB)
----alignment()
--------align_and_export.ipynb(8KB)
----variant_analysis()
--------heatmap_7mer.ipynb(5KB)
--------Reverse_primer_generator_11mer-spikein_synthetic_lib.ipynb(4KB)
--------example_data()
--------heatmap_588-89+library.ipynb(9KB)
--------Primer_generator_for_7mer_clones_588-589AAV9.ipynb(3KB)
--------mCREATE_supplementary_analysis.ipynb(13KB)
--------Primer_generator_for_11mer_clones_587-590AAV9.ipynb(3KB)
--------Reverse_primer_generator_7mer_synthetic_lib.ipynb(4KB)
----clustering()
--------hammDist.m(5KB)
--------clustering_example.m(119B)
--------example_data()