文件名称：bedtools2:bedtools-用于基因组算术的瑞士军刀
文件大小：20.05MB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-05-03 04:10:55
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bedtools-用于基因组算术的瑞士军刀 概括 总体而言，bedtools实用程序是瑞士军刀，可用于各种基因组分析任务。 使用最广泛的工具可以进行基因组运算：即在基因组上设定理论。 例如，bedtools允许人们以广泛使用的基因组文件格式（例如BAM，BED，GFF / GTF，VCF）与多个文件中的基因组间隔相交，合并，计数，互补和混洗。 尽管每个工具都设计为执行相对简单的任务（例如，将两个间隔文件相交），但可以通过在UNIX命令行上组合多个bedtools操作来进行相当复杂的分析。 表现 从2.18版开始，由于我们对用于处理按染色体和起始位置预先排序的数据集的算法进行了改进，因此bedtools可伸缩性大大提高。 正如您在下面的图中所看到的，与未排序数据的不良缩放相比，已排序数据的速度和内存消耗可以很好地缩放。 bedtools的当前版本相交速度与bedops软件包的bedmap一