文件名称：allenCCF:在Matlab中使用Allen Inst CCF数据的工具
文件大小：2.33MB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-06-05 19:40:03
MATLAB
艾伦CCF工具 一些代码可用于Allen Inst小鼠大脑CCF数据，特别是10µm体素2017版。 有关详细说明，请参见Wiki。 要求 带滚轮的电脑鼠标 MATLAB（Windows计算机上的R2017用于所有测试） 该存储库（将所有文件夹和子文件夹添加到您的MATLAB路径中） （从此链接下载所有4个文件）如果有访问权限，则也可以在// zserver / Lab / Atlas / allenCCF中找到数据文件。 或者，请参阅setup_utils自己下载和预处理文件。 另请参见以通过Allen Inst python API直接访问数据。 神经像素轨迹GUI（allen_ccf_npx） 使用基于Allen CCF的GUI计划神经像素轨迹 >> tv = readNPY('template_volume_10um.npy'); % grey-scale "backgrou
【文件预览】：
allenCCF-master
----Browsing Functions()
--------plotAsProbe.m(1KB)
--------plotNeuronOnSliceFromCoord.m(647B)
--------gridIn3D.m(3KB)
--------sagittalSlices.m(1KB)
--------plotDistToNearest.m(4KB)
--------best_fit_line.m(1KB)
--------allen_ccf_colormap.m(381B)
--------transformed_sliceBrowser.m(8KB)
--------plotTopDownOutlines.m(3KB)
--------plotBrainOutlinesByAxis.m(514B)
--------addAllenCtxOutlines.m(1KB)
--------allen_ccf_npx_4shank.m(37KB)
--------sanitizeStructureTree.m(787B)
--------makeSmoothCoords.m(638B)
--------allenAtlasBrowser.m(28KB)
--------loadCCFtoFP.m(380B)
--------natsortfiles.m(5KB)
--------sliceOutlineWithRegionVec.m(2KB)
--------hierarchicalSelect.m(3KB)
--------ctxOutlines.mat(492KB)
--------plotLabelsAsProbe.m(4KB)
--------allenTilt.m(5KB)
--------distinguishable_colors.m(6KB)
--------plotBrainGrid.m(1KB)
--------loadStructureTree.m(2KB)
--------allenCCFbregma.m(295B)
--------plotAVoverlay.m(725B)
--------sliceOutlineWithRegion.m(880B)
--------brainGridData.npy(137KB)
--------selectStructure.m(8KB)
--------script_sliceMovie.m(2KB)
--------allen_ccf_colormap_2017.mat(2KB)
--------sliceByVector.m(2KB)
--------AtlasTransformBrowser.m(52KB)
--------sliceBrowser.m(5KB)
--------natsort.m(12KB)
--------isAreaOrContains.m(1KB)
--------get_offset_map.m(1KB)
--------loadFPtable.m(389B)
--------allen_ccf_npx.m(32KB)
--------makeSTtree.m(1KB)
--------plotTVslice.m(301B)
--------allen_ccf_npx_installer.exe(2.23MB)
--------plotAVslice.m(320B)
--------CCF_to_FP.m(2KB)
--------allen_ccf_colormap.mat(2KB)
--------plotDistToNearestToTip.m(9KB)
----structure_tree_safe.csv(184KB)
----structure_tree_safe_2017.csv(219KB)
----SHARP-Track()
--------Convert_Clicked_Points_to_FP_coords.m(6KB)
--------Analyze_Clicked_Points.m(5KB)
--------Process_Histology.m(5KB)
--------Navigate_Atlas_and_Register_Slices.m(2KB)
--------Convert_CCF_Coords_to_FP_Regions.m(4KB)
--------Analyze_ROIs.m(6KB)
--------Display_Probe_Track.m(9KB)
----README.md(4KB)
----Histology Functions()
--------SliceFlipper.m(8KB)
--------natsortfiles.m(5KB)
--------HistologyCropper.m(4KB)
--------HistologyBrowser.m(6KB)
--------natsort.m(12KB)
----FP_table_Chon_2020.csv(156KB)
----CCF_to_FP.csv(5KB)
----setup_utils.m(2KB)