【文件属性】：
文件名称：matchminer-engine:此版本的MatchEngine已弃用，不再受支持。 请参阅https
文件大小：262KB
文件格式：ZIP
更新时间：2021-05-03 15:43:06
Python
笔记
此版本的MatchEngine已弃用，不再受支持。 请参阅 。
MatchEngine
Matchengine将患者的临床和基因组信息与试验进行匹配。
内置
用于数据存储的NoSQL文档数据库。
-用于单元测试的Python库。
可以通过运行pip install -r requirements.txt来安装所有必需的python库。
用户指南
第1步：设置MongoDB
matchengine最初是使用MongoDB 3.2版开发的。 有关Linux，Mac OS X和Windows的MongoDB安装说明，请访问。
步骤2：载入资料
患者资料
matchengine希望将患者数据存储在两个单独的MongoDB集合中：
临床：包含诸如癌症诊断和年龄之类的临床属性（有关示例，请参见examples / clinical.example.bson）
MRN
SAMPLE_
【文件预览】：
matchminer-engine-master
----setup.py(486B)
----.gitignore(12B)
----cerberus1()
--------errors.py(17KB)
--------__init__.py(538B)
--------platform.py(274B)
--------utils.py(2KB)
--------cerberus.py(52KB)
--------schema.py(14KB)
----requirements.txt(145B)
----LICENSE(34KB)
----examples()
--------mm_data.tar.gz(163KB)
--------trial.example.yml(588B)
--------trial.example.json(1KB)
--------genomic.example.csv(7KB)
--------clinical.example.csv(3KB)
----matchengine()
--------validation.py(3KB)
--------data()
--------utilities.py(13KB)
--------__init__.py(51B)
--------engine.py(27KB)
--------sort.py(9KB)
--------settings.py(924B)
--------schema.py(18KB)
----README.md(6KB)
----tests()
--------test_genomic.py(4KB)
--------data()
--------test_utilities.py(14KB)
--------__init__.py(14KB)
--------test_engine.py(11KB)
--------test_clinical.py(1KB)
--------test_sv.py(6KB)
--------test_sort.py(8KB)
--------test_match.py(6KB)
----Changelog.md(488B)
----matchengine.py(13KB)