文件名称：tardis:用于自动和快速发现结构变体的工具包
文件大小：47.31MB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-06-28 01:53:26
C
塔迪斯 用于自动和快速发现结构变体的工具包 要求 zlib ( ) mrfast ( ) htslib（包含在子模块中； //htslib.org/） 获取 tardis git clone https://github.com/calkan/tardis.git --recursive 汇编 类型： make libs make cp tardis /path/to/your/favorite/binaries 辅助文件 在 aux/ 下可用的 GRCh37 注释 build37.dups.bed：分段复制坐标。 build37.gaps.bed：装配间隙坐标。 build37.reps.bed：RepeatMasker 注释（如下所述）。 此文件以压缩形式提供。 使用前解压。 还可以从 UCSC 基因组浏览器下载参考基因组。 对于 GRCh37，此文件位于：
【文件预览】：
tardis-master
----config.c(6KB)
----common.c(6KB)
----tardis.h(309B)
----variants.h(986B)
----processbam.h(1KB)
----vh.h(141B)
----.gitmodules(78B)
----cmdline.c(9KB)
----common.h(3KB)
----tardis.c(2KB)
----vhsc()
--------vh_setcover.c(43KB)
--------vh_setcover.h(5KB)
--------vh_buffer.h(2KB)
--------vh_buffer.c(2KB)
--------Makefile(350B)
----vh2vcf.h(302B)
----processfq.h(1KB)
----external.h(175B)
----quotes.h(2KB)
----vh.c(2KB)
----vhc()
--------vh_createMaxClusterInsertion.c(7KB)
--------vh_divethandler.c(6KB)
--------vh_main.h(310B)
--------vh_logger.h(1022B)
--------vh_heap.h(775B)
--------vh_gaphandler.c(1KB)
--------vh_divethandler.h(2KB)
--------vh_main.c(9KB)
--------vh_maximalCluster.h(3KB)
--------vh_createMaxClusterInversion.c(13KB)
--------vh_createMaxClusterDeletion.c(9KB)
--------vh_common.h(1KB)
--------vh_maximalCluster.c(14KB)
--------Makefile(557B)
--------vh_repeathandler.c(4KB)
--------vh_gaphandler.h(658B)
--------vh_repeathandler.h(425B)
--------vh_heap.c(3KB)
--------vh_hash.c(3KB)
--------vh_hash.h(645B)
--------vh_logger.c(1KB)
----CREDITS(324B)
----LICENSE(18KB)
----config.h(538B)
----processfq.c(11KB)
----cmdline.h(171B)
----README.md(4KB)
----Makefile(802B)
----aux()
--------build37.reps.bed.gz(47.17MB)
--------build37.dups.bed(159KB)
--------build37.gap.bed(10KB)
----vh2vcf.c(12KB)
----variants.c(83B)
----htslib()
----processbam.c(10KB)
----external.c(1KB)