文件名称：POP序列
文件大小：948KB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-03-09 23:43:35
Python
分析POP-seq数据的管道（从比对到峰调用） 图1： K562细胞中POP-seq方案的完整工作流程和数据分析（A）使用trizol裂解细胞以产生三个相（水相，相间和有机相）。 使用RNase A / T1混合物，蛋白酶K和DNase消化来自POP-seq变体的细胞裂解液，然后进行r-RNA消耗，RNA质量检查和文库制备以进行照明测序（B）POP-seq数据处理和下游分析的工作流程。 先决条件 根据用户手册安装以下软件： fastqc（ ） Samtools（ ） Bedtools（ ） Hisat（ ） 食人鱼（ ）（来自史密斯实验室） 数据集公共访问： UCSC-基因组浏览器： : 基因表达综合（GEO）： ://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc 数据处理涉及的主要步骤 步骤1：在本地目录中下载原始
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POP-seq-master
----Test_file()
--------FASTQ()
--------Reference()
----Pipeline_POP-seq.py(4KB)
----POP-seq_pipeline.png(432KB)
----Readme.md(4KB)
----POPseq_Pipeline.jpg(759KB)