文件名称：冠状病毒_比较
文件大小：17.78MB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-02-28 18:23:04
JupyterNotebook
初始管道（8.3.2020） 1.从ViPR获取基因组数据（如文章所述） 2.从NCBI获取每种病毒物种中每个基因（Orf1a，Orf1b，S，M，N，E和nsps）的参考序列。 3.使用引用来制作Makeblastdb和Blastn（按基因分割基因，并从多蛋白中获得nsps）。 4.爆炸结果质量检查（本地） 5a。 密码子感知MSA（带有Mafft） 5b。 对知道密码子的MSA进行质量检查5c。 TN93计算6a。 RaxML（关于每个病毒物种中的单个基因） 6b。 RAXML树上的质量检查7.选择分析：MEME，BUSTEDS，aBSREL 8. Mafft合并（路线） 9a。 RaxML结合基因比对9b。 树上的质量检查10.划分树的谱系11.选择分析：RELAX和Contrast-FEL