文件名称：dingo:用于代谢网络采样和分析的python库
文件大小：123KB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-05-09 23:01:59
systems-biology polytope sampling random-walk metabolic-network
丁戈 用于代谢网络采样和分析的python库。 安装 要加载dingo使用的子模块，请运行： git submodule update --init 。 您将需要下载并解压缩boost库： wget -O boost_1_75_0.tar.bz2 https://dl.bintray.com/boostorg/release/1.75.0/source/boost_1_75_0.tar.bz2 tar xjf boost_1_75_0.tar.bz2 rm boost_1_75_0.tar.bz2 然后，您需要安装PySPQR库的依赖项； 对于debian / ubuntu linux运行： apt-get install libsuitesparse-dev 要安装python依赖项，请安装 。 然后，运行： poetry shell poetry install 要利用ding
【文件预览】：
dingo-develop
----ext_data()
--------e_coli_core_dingo.mat(3KB)
--------e_coli_core.mat(112KB)
--------e_coli_core.json(169KB)
--------matlab_model_wrapper.m(460B)
----.gitmodules(204B)
----build.py(1KB)
----poetry.lock(38KB)
----volume_approximation()
----pyproject.toml(588B)
----dingo()
--------loading_models.py(5KB)
--------fva.py(3KB)
--------parser.py(7KB)
--------scaling.py(3KB)
--------utils.py(6KB)
--------bindings()
--------__main__.py(240B)
--------inner_ball.py(2KB)
--------__init__.py(8KB)
--------volestipy.pyx(12KB)
--------sampler.py(8KB)
--------gurobi_based_implementations.py(11KB)
--------fba.py(2KB)
--------nullspace.py(2KB)
--------metabolic_network.py(7KB)
----tests()
--------fast_implementation_test.py(4KB)
--------unit_tests.py(3KB)
----LICENSE(7KB)
----eigen()
----doc()
--------documentation_main.md(7KB)
--------e_coli_aconta.png(33KB)
--------documentation_package.md(5KB)
--------README.md(2KB)
----setup.py(2KB)
----.gitignore(90B)
----README.md(1KB)