文件名称：pagoda2:R包，用于分析和交互式探索大规模单细胞RNA-seq数据集
文件大小：2.32MB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-06-01 02:57:38
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宝塔2 pagoda2：大数据集的快速处理和交互式分析 Pagoda2是R包，用于分析和交互式探索大型单细胞RNA-SEQ的数据集。 这些方法经过优化，可快速处理既大又稀疏的现代scRNAseq数据集。 该软件包提供了用于质量控制，过滤，聚类，可视化，差异表达，交叉方面/状态以及基因组/途径过度分散分析的方法。 配套的前端应用程序使用户可以找出哪些基因表达模式在数据中引起了不同的亚群。 该应用程序允许用户通过带注释的基因集和途径（包括基因本体论（GO）类别）检查亚群的基因表达模式。 用户还可以通过前端应用程序突出显示某些群集并从其浏览器执行差异表达。 请注意， pagoda2是分析独立scRNAseq数据集开发的R包。 对于多个数据集的联合分析，请参见包装 。 （封装pagoda2主要用于为CONOS预处理输入数据集）。 这个包内有几种方法是基于内实现的原件开发和PAGODA1。 讲解