文件名称：HAWK:与 k-mers 建立关联
文件大小：15.81MB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-06-17 23:38:04
C++
鹰 1.7.0 与 k-mers 建立关联 版本 1.7.0 中的修改 实施 IRLS 而不是 Newton-Raphson 进行逻辑回归，并缩放特征值以解决收敛问题 版本 1.6.0 和 1.5.0 中的修改 已在 C++ 中重新实现混杂校正步骤以提高速度和灵活性 与混杂因子校正中的样本顺序相关的错误已得到修复 添加了 Benjamini-Hochberg 程序进行多次测试校正的选项 添加了对水母 2 的支持 统计查找已在 C++ 中重新实现 修改在 中有详细描述 安装 安装HAWK运行（XYZ是版本） tar xzf hawk-X.Y.Z-beta.tar.gz cd hawk-X.Y.Z-beta make 先决条件 Jellyfish/Jellyfish 2（补充剂中提供的修改版本） EIGENSTRAT（补充中提供修改版） 深渊 具有并行支持的GNU sort 如果你
【文件预览】：
HAWK-master
----kmer.h(1KB)
----log_reg_control.cpp(24KB)
----log_reg_case.cpp(24KB)
----cpp()
--------gpl2.txt(18KB)
--------src()
--------manual.cpp.html(1.47MB)
--------tests()
--------gpl3.txt(34KB)
----preProcess.cpp(2KB)
----LICENSE.txt(35KB)
----matrix_methods.h(5KB)
----log_reg_control.R(2KB)
----bonf_fasta.cpp(2KB)
----specialfunctions.cpp(282KB)
----ap.cpp(296KB)
----stdafx.h(4B)
----kmersummary.cpp(2KB)
----alglibinternal.h(25KB)
----hawk.cpp(24KB)
----convertToFasta_bh_correction.cpp(3KB)
----lr.h(10KB)
----ecoli_analysis()
--------gwas_info.txt(4KB)
--------runBowtie2(453B)
--------download(124B)
--------links.txt(3KB)
--------countKmers(2KB)
--------README.md(516B)
--------manhattan_plasmid.R(480B)
----README.md(9KB)
----alglibinternal.cpp(339KB)
----specialfunctions.h(62KB)
----kmerStats.cpp(8KB)
----ap.h(52KB)
----makefile(2KB)
----convertToFasta.cpp(1KB)
----parfile.txt(222B)
----countTotalKmer.awk(38B)
----.gitignore(9B)
----util.hpp(917B)
----log_reg_case.R(2KB)
----supplements()
--------countKmers_jf2_sra(2KB)
--------runHawk_old(2KB)
--------countKmers_jf1_sra(2KB)
--------countKmers_jf2(2KB)
--------jellyfish-Hawk.tar.gz(7.86MB)
--------runKmerSummary(424B)
--------runHawk(2KB)
--------pca_plot.R(643B)
--------countKmers_jf1(2KB)
--------runBHCorrection(77B)
--------countKmers_old(2KB)
--------dump_numeric.patch(734B)
--------runKmerSummary_old(462B)
--------runAbyss(443B)
--------jellyfish-2.2.10-HAWK.tar.gz(1.08MB)
--------EIG6.0.1-Hawk.tar.gz(5.75MB)
--------dump_jf2.patch(706B)
----kmersearch.cpp(1KB)