文件名称：matlab资源分配的代码-Nat-Commun-2018:我们论文的MATLAB代码“正交核糖体的动态分配促进了共表达基因的解偶联”
文件大小：28KB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-07-02 02:40:39
系统开源
matlab资源分配的代码Nat-Commun-2018 该存储库包含用于在我们的论文“正交核糖体的动态分配促进共表达基因解偶联”中生成结果的 MATLAB 代码示例 接触 请通过 Github 联系 Alexander Darlington 以获取与此代码相关的查询。 抽象的 将合成回路引入微生物会在回路和宿主基因之间产生对共享细胞资源（如核糖体）的竞争。 这可能导致不同电路基因表达之间出现不需要的耦合，使设计过程复杂化并可能导致电路故障。 通过表达特异性改变的合成 16S rRNA，我们可以将核糖体池划分为宿主特异性和电路特异性活性。 我们在数学和实验上表明，可以通过将基因定位到不同的核糖体库来减轻资源竞争的影响。 这种分工可用于增加通过代谢途径的流量。 我们开发了一个细胞生理学模型，该模型能够捕获这些观察结果并使用它来设计动态资源分配控制器。 实施后，随着合成电路对翻译资源的需求增加，该控制器通过增加正交核糖体的产生来解耦基因。 参考 Alexander PS Darlington、Juhyun Kim、José I. Jiménez 和 Declan G. Bates “正交核
【文件预览】：
Nat-Commun-2018-master
----figure_violacein_pathway.m(7KB)
----figure_controller_dynamics.m(4KB)
----figure_controller_analysis.m(11KB)
----lib()
--------fbprnODE.m(4KB)
--------simulatetosteadystate.m(3KB)
--------oriboODE.m(4KB)
--------hriboODE.m(3KB)
--------cpolsODE.m(4KB)
--------makeinitialconditions.m(4KB)
--------pastel.m(1KB)
----libODE()
--------hostonly.m(257B)
--------hostonly_multi.m(282B)
--------twogenes_induction.m(1KB)
--------twogenes_cpols_oA_hB.m(2KB)
--------twogenes_cpols_hA_oB.m(2KB)
--------twogenes.m(1KB)
--------multi5enzyme.m(4KB)
--------twogenes_cpols_hA_hB.m(2KB)
--------singlegene.m(971B)
----README.md(2KB)
----run_singlegene_example.m(2KB)
----figure_resource_allocation_by_pool_separation.m(5KB)