TJ1

【文件属性】：
文件名称：TJ1
文件大小：4KB
文件格式：ZIP
更新时间：2021-03-26 15:56:31
Python TJ1 描述 我们应用了多种测序技术，从头开始组装来自土家族人口中的一个单独的基因组（TJ1），该土家族是与汉人关系最为密切的少数民族。 我们使用以下软件来执行将TJ1作为参考基因组的变体调用，基因分型和定相，并使用定制脚本评估性能。 软体： 鹰， GATK， //gatk.broadinstitute.org/hc/en-us minimap2， vg， 段落， RTG工具， SHAPEIT4， //odelaneau.github.io/shapeit4/ 脚本介绍 Filter_data_and_use_rtg-tools.py：过滤变体并使用rtg软件获取变体调用的准确性 TJ1_SV.circlize.R：使用circlize包绘制TJ1 SV分布 run_EAGLE.sh：使用EAGLE模拟样品及其排序

【文件预览】：
TJ1-main
----scripts()
--------test.txt(1B)
--------001-Filter_data_and_use_rtg-tools.py(13KB)
--------run_EAGLE.sh(908B)
----README.md(1014B)