文件名称：primerTree:第一树
文件大小：148KB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-06-14 03:15:48
R
底漆树 PrimerTree：通过视觉评估引物对的特异性和信息性 特征 自动查询引物对并生成产物树。 可以运行分析，然后在两个命令中进行绘制。 支持Primer-Blast和clustal omega的所有选项。 安装 R安装 CRAN install .packages('primerTree') Github # install.packages( "devtools" ) devtools: :install_github( "jimhester/primerTree" ) 安装 视窗 使用预编译的Windows二进制文件。 可以将已安装的clustalo.exe放在您的路径中，或者在clustal_options选项中将该路径传递给可执行文件 library (primerTree) mammals_16S = search_primer_pair(name='Mam
【文件预览】：
primerTree-master
----.travis.yml(122B)
----man()
--------tree_from_alignment.Rd(636B)
--------get_sequences.Rd(1KB)
--------accession2gi.Rd(395B)
--------get_taxonomy.Rd(451B)
--------summary.primerTree.Rd(801B)
--------parse_primer_hits.Rd(340B)
--------primerTree.Rd(538B)
--------gi2taxid.Rd(377B)
--------seq_lengths.Rd(774B)
--------plot_tree_ranks.Rd(1KB)
--------layout_tree_ape.Rd(684B)
--------identify.primerTree_plot.Rd(477B)
--------plot_tree.Rd(1KB)
--------mammals_16S.Rd(267B)
--------clustalo.Rd(765B)
--------seq_lengths.primerTree.Rd(421B)
--------bryophytes_trnL.Rd(277B)
--------search_primer_pair.Rd(3KB)
--------filter_seqs.Rd(1KB)
--------get_sequence.Rd(750B)
--------plot.primerTree.Rd(939B)
--------calc_rank_dist_ave.Rd(2KB)
--------primer_search.Rd(1KB)
----data()
--------mammals_16S.RData(34KB)
--------bryophytes_trnL.RData(67KB)
----NAMESPACE(1KB)
----NEWS.md(538B)
----primerTree.Rproj(311B)
----TODO.md(701B)
----src()
--------read_dna.c(5KB)
--------init.c(502B)
----.Rbuildignore(140B)
----LICENSE.md(15KB)
----.gitignore(56B)
----paper.Rmd(9KB)
----R()
--------plot.R(5KB)
--------primerTree.R(15KB)
--------sequence.R(6KB)
--------taxonomy.R(3KB)
--------search.R(9KB)
--------filterResults.R(2KB)
----Makefile(588B)
----DESCRIPTION(805B)
----README.md(2KB)