【文件属性】：
文件名称：Rank-Normalization-Empowers-a-T-Test:与手稿有关的补充材料和软件
文件大小：38.47MB
文件格式：ZIP
更新时间：2021-04-09 05:25:24
R
秩归一化可为微生物组差异性丰度分析提供t检验，同时控制错误发现。
与出版物相关的补充材料和软件
此处附有所有数据文件和代码，这些数据和代码可重现研究的所有发现和结果。 如有其他要求，请联系 。
SimpleExample.R
仅使用碱基R对制造的微生物组数据执行t检验的秩归一化。
RCode
以下许多代码改编自以前由Hawinkel等人免费提供的材料。 在。 有关更多详细信息，请参阅其原始基准测试研究 。
DataGeneration.R：使用中阴道HMP模板在“ H1无补偿”下生成模拟数据集，其中二项分布和β-二项分布为负。
ImportHMPData.R：导入/清除用于仿真的HMP数据。
Normalizations.R：执行用于仿真测试的规范化的代码，由RunTestFunction.R调用。
PermutationTestExample.R：在构造的数据集上并行执行置换
【文件预览】：
Rank-Normalization-Empowers-a-T-Test-main
----README.md(6KB)
----SimpleExample.R(953B)
----RCode()
--------PlotResults1point5.R(25KB)
--------ImportHMPData.R(9KB)
--------DataGeneration.R(34KB)
--------Normalizations.R(5KB)
--------RunTestsFunction.R(2KB)
--------fastTTest.R(728B)
--------msWaldHMP.R(27KB)
--------permTests (for running sim).R(2KB)
--------RankNormPlots.Rmd(11KB)
--------PermutationTestExample.R(4KB)
--------RealDataAnalysis.R(20KB)
--------RunSim.R(5KB)
--------rankTests (for running sim).R(2KB)
--------PlotResultsLargeSmall.R(24KB)
--------Tests.R(20KB)
----results()
--------RISK_RoughRes.csv(457B)
--------MainSimulationResultsLarge_BetaBin.pdf(277KB)
--------MainSimulationResultsSmall_NegBin.pdf(182KB)
--------S2_MainSimulationResults1.5_NegBin.pdf(158KB)
--------Zeller_RoughRes.csv(462B)
--------MainSimulationResultsSmall_BetaBin.pdf(163KB)
--------Zeller_Rejects.csv(941B)
--------S1_MainSimulationResults1.5_BetaBin.pdf(150KB)
--------MainSimulationResults.csv(24KB)
--------MainSimulationResultsLarge_NegBin.pdf(335KB)
--------Ranks.png(6KB)
--------RISK_Rejects.csv(9KB)
----data()
--------otu_table_psn_v35.txt.gz(9.24MB)
--------v13_v35_psn_otu.genus.fixed.zip(14.63MB)
--------covList.RData(7.28MB)
--------msb0010-0766-sd2.xlsx(181KB)
--------v35_map_uniquebyPSN.txt.bz2(37KB)
--------otu_table_psn_v13.txt.gz(5.63MB)
--------v13_map_uniquebyPSN.txt.bz2(23KB)
--------msb0010-0766-sd4.xlsx(1.03MB)