【文件属性】：
文件名称：pybustools：Python函数读取kallisto-bustools格式
文件大小：189KB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-03-12 04:15:32
Python
pybustools
这是通常使用生成的单细胞RNAseq的的python接口。
安装
请注意所需的gmpy2库，它本身依赖于某些c库。 这些可以通过apt-get install libgmp3-dev libgmp-dev libmpfr-dev libmpc-dev安装在ubuntu上。
git clone https://github.com/redst4r/pybustools
pip install -e pybustools
用法
from pybustools . pybustools import Bus
B = Bus ( folder = '/path/to/bus/output' , bus_name = 'sorted.bus' )
# iterate the records one by one; it yields namedtuples
for reco
【文件预览】：
pybustools-master
----.travis.yml(202B)
----testing()
--------test_iterators.py(4KB)
--------test_parallel_generators.py(3KB)
--------test_io.py(5KB)
--------test_merge_iterators.py(817B)
--------test_subsampling.py(667B)
----pybustools()
--------busio_old.py(3KB)
--------pug_parallel.py(4KB)
--------utils.py(4KB)
--------pybustools.py(6KB)
--------subsampling.py(6KB)
--------__init__.py(0B)
--------pug.py(10KB)
--------amplification.py(3KB)
--------busio.py(6KB)
--------parallel_generators.py(10KB)
----setup.py(522B)
----.gitignore(65B)
----speed()
--------results.csv(8KB)
--------speed_buffersize.py(1KB)
--------buffer_vs_time.png(174KB)
--------encoding()
--------speedtesting.py(2KB)
----README.md(3KB)